出島是荷蘭人在長崎唯一獲准居住的人工島。最初出島在1634-36年間由幕府命令長崎商人建成，作為管制葡萄牙人居住的地方。1639年葡萄牙人被趕出日本，出島空了下來，剛好荷蘭人在平戶的商館也出了問題，所以幕府就命令荷蘭人把商業據點轉移到長崎出島，出島蘭館就成了日本面對西方世界的窗口。
荷蘭人於1609年在平戶設立商館。本來是借用民家的土造倉庫，後來漸漸擴大規模，1630年代末開始建造一座規模壯大的商館，並於1639年完工落成。落成的年份依照荷蘭的習慣，在門上高懸「1639」的銅牌。
結果日本官員來問「這1639是什麼？」
荷蘭人說「從耶穌基督出生起算的年分」。
啊，基督，對禁教的日本可是大忌啊～～
結果荷蘭東印度公司的平戶新商館上的1639，就成了幕府命令荷蘭人撤離平戶，遷至長崎出島的藉口。依照《熱蘭遮城日誌》中收到平戶來的報告，好大功夫蓋成的商館，在1640年11月只花了五天就拆平了。1641年，荷蘭商館正式遷往長崎出島。
但最近日本官學界參考各種資料，包括現存的荷蘭商館建築和檔案史料（台灣的熱蘭遮城也有參考進去），在2011年硬是把荷蘭商館蓋回來了。
1639年時擔任平戶荷蘭商館長的人是François Caron，負責將荷蘭商館遷往長崎的是繼任的Maximilian le Maire。兩人後來都先後出任台灣行政首長（Le Maire 以議長代理）。後來台灣長官的 Overtwater、末代長官揆一 Coyett，也都先有擔任長崎商館長的經驗，才調來台灣商館。左圖是荷蘭國立博物館所藏駐日本荷蘭商館長名錄牌。
平戶市為了要聯繫同樣有荷蘭東印度公司遺跡的各城市，在2015年成立了 Dutch Trading Post Heritage Network，台史博、台江國家公園、台南文化協會都是會員。貓參加了2017在長崎，2018在台南的會議。2019時間衝突，希望2020還可以繼續參加。
