一、通政使司(通政使一人，正三品；左、右、謄黃通政各一人，正四品:左右參議各一人，正五品)
1.任用和職掌:
通政使司負責處理中央和全國官民呈遞之公文和奏摺，並於早朝匯集遞交皇帝御覽。由於屬於正式公文傳遞管道，私自上奏公文書並不被允許。
所說通政使地位隆重，重要廷議和獄案皆出席決策，但由於通政使司性質單調清閒，多被官員們認為是閒缺。
二、大理寺(大理寺卿，正三品；左右少卿各一人，正四品；左右寺丞各一人，正五品)
1.任用和職掌
大理寺的職掌為司法案件的復覈，明代前中期甚至需要重新詢問犯人以確定審理的合宜與否，但弘治朝後僅以文件上的審查為主。
任用上雖然大理寺卿和通政使皆為正三品，同為大九卿成員之一(其他七位為六部尚書和左都御史)地位相對尊崇，但大理寺也是作為京官的升轉之階，亦不受到重視。
三、國子監(祭酒一人，從四品；司業一人，正六品)
1. 任用 :
南北兩京皆設有國子監，其編制相同。國子監由於作為官方的中央最高學府，因此其堂上官備受重視，祭酒和司業皆由學行為士論認可者擔任，之後多由翰林升遷而來。
2.職掌:
監生來源眾多，包括各類勳戚、外國生、土司子弟，但主體仍由各地貢生組成，他們多是資深生員，由於多年無法考中舉人而走貢舉途徑，因為成為貢生便有由吏部分派出仕的機會。
雖然歷朝始終宣言國子監的重要，但中葉起學風不振是不爭的事實，大多數監生進入此地並非精進學識，而是希冀謀得一個當官的機會。
