一、天啟二年廷議後續:
天啟二年(1622)六月底，熹宗才依紅丸案廷議處分完崔、李二人不到數日，太常寺少卿高攀龍隨即再上疏要求重處方從哲和崔文昇等人，熹宗相當生氣，下旨:「這所奏已經大小九卿科道等衙門會奏明白，奉旨處分，再不許牽扯生事。高攀龍不遵明旨，又來瀆奏；其選侍觸犯聖母，朕豈不報?但看皇考優待，如何又言朕非孝?本當重處，姑著罰俸。」七月五日兵部尚書黃克纘隨即乞求退休，顯然是因為紅丸案受政敵攻擊太多，只好乞求罷官，以表達自己並非附和上議、貪戀權位，熹宗同意其辭職，並給與應有的禮遇和加官。七月二十日，禮部尚書孫慎行也因為紅丸案和之前冊封秦藩之事不獲熹宗支持，請求回鄉養病，熹宗立刻准許。隔年天啟三年(1623)正月廷推閣員，孫慎行位列首位，熹宗卻不點用，雖然其在批語中說不點孫慎行不是因紅丸案之故，但此地無銀三百兩，熹宗應該確實不想任用再始終在紅丸案中唱反調的孫慎行。
同年十一月二十一日，三法司(刑部、都察院和大理寺)呈上李可灼的審問結果:「李可灼素非醫官也，方未先呈，性未經驗，難免輕率之罪。雖先帝體受歸全，不因藥為加損惟是賓天之際，適與藥逢，可灼何以自解，合加等例遣戍。」審問結果也是審不出甚麼明確罪證，總共也就兩條:一是輕易進藥，藥方未有醫學依據和驗證，二是進藥隔天光宗就去世，李可灼難辭其咎。其實理由也跟之前會議所論差異不大，判決結果只是戍邊，也就是到邊境當兵，，還能保全性命，其實也不算是非常嚴厲的處分，熹宗自然也同意此宣判，畢竟他本就無意深究紅丸案。
至此紅丸案大致底定，除了高攀龍還有針對此事上疏幾次外，朝中沒有因此再起過重大爭端。
二、結論:
綜合以上萬餘字篇幅，大略敘述了紅丸案的過程和朝中爭論，可以看出明熹宗對於紅丸案的處置始終冷靜和堅定，那就是他並未對於父親光宗的死因抱有任何陰謀論的想法，以及始終希望淡化此事的爭論，因此他的努力方向便是拉攏爭論過程中據實進奏官員，打壓一干受啟用的東林黨人，因為後者以皇帝的立場，便是希望藉此案壓制原先在朝的諸多大僚，但皇帝不希望藉此興起朝中動盪，所以一旦有人擴大紅丸的罪犯名單，他便下旨嚴懲，並鼓勵當時顧命大臣們團結，據實說明當時狀況，期盼引導輿論走向正軌。沒想到部分大臣因為畏懼東林黨人之清議和自身名聲，還是向其妥協，但處置範圍始終限於崔、李二人，也並未有任何官員因為紅完忤逆天啟帝受嚴懲，這也算是熹宗勉強保持各方勢力均勢之結果。
