致病原
由黃病毒科（Flaviviridae）下，黃病毒屬（Flavivirus）中的日本腦炎病毒（Japanese encephalitis virus）引起。
流行病學
發生在北起西伯利亞、日本延伸至臺灣、菲律賓、馬來西亞，印尼、澳大利亞之間的西太平洋諸島嶼，及由韓國至中國、尼泊爾、中南半島、印度、斯里蘭卡之間的東亞地區。臺灣流行季節主要在每年5至10月，病例高峰通常出現在6至7月。各縣市均曾有確定病例發生，流行地區遍及全臺灣，惟均為散發病例。
傳染窩
流行期的傳染窩以豬、鳥類為主。但是非流行期病毒越冬的機制則尚未完全瞭解，可能由帶病毒的蝙蝠、爬蟲類、兩棲類或殘存的蚊卵或成蚊，把病毒帶過冬天後再開始新的流行期。
傳染方式
日本腦炎是由病媒蚊傳播的疾病，臺灣以三斑家蚊、環紋家蚊及白頭家蚊為主要的傳播媒介。豬、鳥類及許多動物因被帶有日本腦炎病毒的病媒蚊叮咬而受到感染，而未帶病毒的病媒蚊則在叮咬正處於病毒血症期（viremia）的動物時受到感染。
可傳染期
日本腦炎之傳播須經由具有感染力的病媒蚊叮咬，人不會直接傳染給人，且日本腦炎病毒在人體內病毒血症的濃度低、時間短，所以病人的血液中通常測不到病毒的存在。臺灣的病媒蚊感染來源大部分來自豬，蚊子一旦被感染則終生具感染力。豬及鳥類的病毒血症期通常為2至5天，但在蝙蝠、爬蟲類及兩棲類，尤其是在冬眠時，期間可能延長。
潛伏期
通常為5至15天。
臨床症狀
感染日本腦炎病毒大部分無明顯症狀，約有小於1%的感染者會出現臨床症狀，最常見的臨床表現是急性腦炎。有症狀者通常一開始出現非特異性症狀，如發燒、腹瀉、頭痛或嘔吐等，症狀輕微者的臨床表現為無菌性腦膜炎或不明原因發燒，嚴重者，則出現意識狀態改變、全身無力、高燒、局部神經障礙（腦神經功能損傷、輕癱等）、運動障礙、帕金森氏症候群（Parkinsonism，因錐體外系統功能受損，而有面具樣臉、齒輪狀僵直、舞蹈手足徐動症）、神智不清、對人時地不能辨別等，甚至昏迷或死亡。日本腦炎的致死率約20%至30％，存活病例中，約30%至50％有神經性或精神性後遺症，其產生的神經性後遺症包括不正常肌張力、語言障礙、運動肌無力、腦神經及錐體外系統異常的神經功能缺損等。精神性後遺症以脾氣暴躁、性格不正常為主，智力不足則常發生在小孩。日本腦炎與腸病毒、腮腺炎病毒、黴漿菌、皰疹病毒及其他病毒引起的腦炎及腦膜炎不易鑑別，需要以病毒的培養或分子生物學、血清學檢驗協助診斷。
感受性及抵抗力
通常小孩及老人感染後較容易發生臨床症狀，其他年齡層則較多為不顯性感染。在高流行地區由於輕度感染或不顯性感染很普遍，一般成人大多對當地病毒株已有免疫力，易感染者主要為小孩。
預防方法
一、依規定時程接種日本腦炎疫苗。
（一）臺灣自1960年代推動日本腦炎預防接種，使用的是以鼠腦製程之不活化日本腦炎疫苗（inactivated mouse brain-derived JE vaccine），為順應疫苗產製技術轉變與使用趨勢，自2017年5月22日起改採用細胞培養製程之活性減毒嵌合型日本腦炎疫苗（live attenuated JE chimeric vaccine）。
（二）活性減毒嵌合型日本腦炎疫苗幼兒常規接種時程：應接種2劑，出生滿15個月接種第1劑，間隔12個月接種第2劑。而經醫師評估不適合接種活性減毒嵌合型日本腦炎疫苗者，地方政府衛生局（所）有提供不活化日本腦炎疫苗，可請醫療院所協助申請，依其接種時程完成。
（三）針對已接種鼠腦製程之不活化日本腦炎疫苗的幼童，為維護其免疫力及疫苗保護效果，依據「衛生福利部傳染病防治諮詢會（ACIP）」建議，訂定疫苗銜接原則如下：
- 已接種1劑鼠腦製程不活化日本腦炎疫苗：與前一劑鼠腦疫苗間隔至少14天接種第1劑，間隔12個月後接種第2劑。
- 已接種2劑鼠腦製程不活化日本腦炎疫苗：與最後一劑鼠腦疫苗間隔至少12個月後接種1劑，其後不必再追加。
- 已接種3劑鼠腦製程不活化日本腦炎疫苗：滿5歲至入學前接種1劑，與最後一劑鼠腦疫苗間隔至少12個月。
（四）成人若居住地或工作場所接近豬舍、其他動物畜舍或病媒蚊孳生地點等高風險地區，建議於流行期前（每年3-4月）自費接種日本腦炎疫苗，若至流行地區旅遊，可至旅遊醫學門診諮詢，並依醫師之評估建議自費接種疫苗。
二、預防病媒蚊叮咬：
（一）於流行期作好自我保護措施，可穿著淺色長袖衣褲，身體裸露處使用政府主管機關核可含DEET、Picaridin或IR3535之防蚊藥劑，以避免蚊蟲叮咬，降低感染風險。
（二）建議安裝紗門、紗窗及使用蚊帳。
（三）避免於黎明和黃昏等病媒蚊活動的高峰期，於豬舍、其他動物畜舍或病媒蚊孳生地點附近活動。
資料來源:疾病介紹 - 衛生福利部疾病管制署
