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2011年2月11日穆巴拉克辭職後，最高軍事委員會接管國家權力，暫停憲法、解散議會並宣佈將在半年內舉行自由選舉。日常行政機構、尼羅河灌溉管理與稅收系統繼續正常運作，未因政權交接而中斷。2011年3月，舉行憲法公投，通過臨時憲法修正案，為後續選舉奠定基礎。
2011年11月至2012年1月，議會選舉分階段舉行，穆斯林兄弟會所屬的自由與正義黨獲得最多席位，薩拉菲派光明黨位居第二。2012年6月，穆罕默德·穆爾西（Mohamed Morsi，自由與正義黨）在總統選舉第二輪中勝出，成為埃及首位透過民主選舉產生的總統。穆爾西於2012年6月30日宣誓就職，但最高軍事委員會在此前一天頒布補充憲法聲明，限制總統部分權力。
2011年革命後，雖然政治過渡帶來短期動盪，但文物保護機構維持運作。部分遺址曾因示威或安全問題暫時關閉，但很快恢復管理。最高文物委員會繼續負責日常巡查與維護工作。
2012年11月，穆爾西頒布臨時宣言，擴大總統權力並保護制憲委員會免受司法干涉，引發大規模反對示威。2012年12月，舉行憲法公投，新憲法獲得通過。2013年6月30日，全國爆發大規模反穆爾西示威，要求他下台。2013年7月3日，國防部長阿卜杜勒·法塔赫·塞西（Abdel Fattah el-Sisi）領導軍方介入，宣布解除穆爾西總統職務，由最高憲法法院院長阿德利·曼蘇爾（Adly Mansour）擔任臨時總統。穆爾西支持者發起長期靜坐抗議，2013年8月14日在開羅與吉薩的清場行動造成大量傷亡。
2014年1月，舉行新憲法公投，新憲法獲得高票通過，強化軍方角色並限制宗教政黨。2014年5月，塞西以壓倒性優勢當選總統，並於6月8日宣誓就職。塞西政府推行大規模基礎設施計劃，包括新行政首都建設、蘇伊士運河擴建工程（2015年完成）和多項能源與交通項目。行政體系恢復中央集權模式，省長由總統任命，尼羅河水資源管理繼續由國家機構統一負責。
2014年塞西政府上台後，文化遺產保護被列入國家優先發展項目。政府增加預算，用於修復受損古蹟、打擊文物走私與提升博物館標準。2017年，大埃及博物館部分展廳開放，2023–2024年逐步完成全面開幕，成為世界最大考古博物館之一，集中展示圖坦卡蒙等重要文物。
2015年10月，舉行議會選舉，支持政府的未來黨與獨立候選人佔據多數席位。2017–2018年，政府展開大規模反恐行動，打擊西奈半島的極端組織。2018年3月，塞西再次當選總統，任期延長。2019年4月，舉行憲法公投，通過修憲案，將總統任期延長至6年，並允許連任一次。
2018–2025年，埃及政府與UNESCO、歐盟及多國合作，展開多項遺產保護計劃，包括：- 對盧克索與阿斯旺地區神廟群的持續修復；- 開羅歷史城區的街道與建築修繕；- 西奈半島與西部沙漠考古遺址的調查與保護；- 採用現代科技（如3D掃描、數位建檔與無人機監測）提升保護效率。
尼羅河沿岸遺產保護與水資源管理緊密結合。政府在阿斯旺高壩下游設立監測機制，防止地下水位變化對古蹟基礎造成損害。同時，法律規定任何基礎設施建設前必須進行考古評估。
2020年，新冠疫情在埃及蔓延，政府實施宵禁與旅行限制措施，但行政與基礎設施運作維持連續性。尼羅河大壩爭議持續，埃及與衣索比亞就復興大壩（Grand Ethiopian Renaissance Dam）進行多次談判。蘇伊士運河收入與僑匯仍是重要經濟支柱。
