遼東戰役作為晚明最後三十年最重要的戰役，投入龐大的資源、人力和兵力，卻屢次喪失疆土，不只造就了許多英雄和傳奇，亦釀成不少悲劇，其中佟卜年案是許多案例的典型縮影，亦是天啟帝強勢介入司法的代表。
一、佟卜年早年仕途:
佟卜年（？—1625年），字八百，號觀瀾，定遼中衛（即遼東軍事中心遼陽）人，萬曆四十四年（1616年）進士，歷任北直隸南皮縣和河間縣縣令。其親戚佟養真(1570-1621)和佟養性(?-1632)皆於後金攻打重鎮撫順的戰役中投靠女真，並於隨後天啟元年三月參與了攻取遼陽的戰事。明朝君臣隨即檢討遼東大敗原因，四月十七日江西道御史徐揚先隨即彈劾了與敵方將領有親屬關係的佟卜年「家本叛逆，況有貪聲，所當削除仕籍，以遠嫌疑。」雖然皇帝的批覆是:「佟卜年不必疑議。」但短短一個月後，隨即以陞任名義，將佟卜年調至四川夔州府做同知，名為升官，卻是暗貶至邊疆，實錄編者在記錄時也明說調職原因是「遠之也。」
二、熊廷弼二次經略之重用和下獄:
隨著熊廷弼於天啟元年年中回任遼東，重新啟用之前共事的多位官員，七月便推薦佟卜年陞任按察使司僉事(正五品)，算是地方中的大員了，但隨即於十月熊廷弼自行上疏請褫奪佟卜年官職，原因為熹宗似有次在經筵後問及此事，顯然對於其忠誠有所懷疑，加上兵部尚書針對此疏的回覆同樣認為佟卜年的親緣關係必須遠離遼東避嫌，推波助瀾，許多言官利用此事大做文章，攻擊熊廷弼。十一月，熹宗遂解除了佟卜年的職務。
如果熊廷弼二次經略能有亮眼表現，佟卜年說不定還能得到重用機會，甚至可能帶兵收復故鄉遼陽；但隨著關外全面淪陷，熊廷弼的迅速解職，佟卜年的處境便得更加危及。由於廣寧城和遼陽城的失陷皆由於內部降兵和叛將導致，天啟二年春天遼西走廊盡失，北京的情勢一度危急，熹宗矯枉過正，大力緝捕奸細，尤其以逃入關內之遼東流民為主，多有濫捕，其中兵部抓獲間諜杜茂等，同樣是兵部尚書張鶴鳴上疏報告審問結果:
…茲薊州拿獲奸細杜茂，招詞詳悉，的為李永芳拆來無疑。其招佟卜年通李永芳往來蹤跡，差人姓名，使費銀兩，犁然可疑。…伏乞皇上敕下法司，將杜茂、佟卜年等嚴提從公就問… -《兩朝從信錄》
熹宗立刻下旨逮捕佟卜年，刑科給事中熊德陽還因為批覆稍遲，被張鶴鳴彈劾，因此被皇帝下令外調，實則貶官。可見張看出皇帝急於緝捕奸細的心思，意圖逢迎，趁機大做文章，攻擊熊廷弼，其中可能包含減輕作為兵部尚書，而放任遼西失陷的責任。
三、政爭下的犧牲品，冤死獄中:
刑部奉旨審問杜茂等人關於佟卜年叛國的細節，卻始終查無確鑿證據，《國榷》中有段刑部尚書王紀和其下屬刑部主事顧大章對於案情的討論:
…卜年任河間知縣，(杜)茂逆其署中三月，合謀遣茂同其二僕往李永芳約叛。事下刑部，尚書王紀問當何如?主事顧大章曰:兩人同謀三月，情既親信，論常理，豈二僕上不能舉其名乎?且往返數千里而不問僕姓名，今嚴訊不認，大可異也。紀然之。…
由於案情疑點重重，且始終無確切證據，但天啟帝對此案又異常關心，王紀只能一拖再拖，希望能有轉圜餘地，卻又因此案與大學士沈㴶的爭端，被熹宗兩次斥責:
奉聖旨:…拏到劉一巘、杜茂等，刑部官縱容，通同改口，不認前招…刑部等官徇私賣法，誤國欺君，通不上緊問理，著回將話來。 -《兩朝從信錄》
刑部尚書王紀乞恩認罪。奉聖旨:拏到奸細劉一巘等，交通逆賊李永芳，坑陷全遼疆土官軍，其情最大，至今不行問理，反借升官為名，顯是推故，違慢支吾，法司職守何在?王紀著革了職為民，其餘各官姑且不究，還著問明具奏。 -《兩朝從信錄》
王紀遵守職責，據實審案，不逢迎上意捏造罪名，誣陷無辜。可惜皇帝成見已深，竟為此將他罷免。首輔葉向高認為此處分太過，上疏企圖迴轉上意，但熹宗的回覆顯然道出他的動機:
奉聖旨:叛酋謀陷三韓，戕殺官民，喪失疆土，通國飲恨。遼廣陷沒，皆奸細所獻，今屢次拏獲真正奸細，通不上緊會問，奏請正法，任其耽延，藉口為辭，王紀全無急公，欺君誤國，遲慢支吾… -《兩朝從信錄》
這種矯枉過正的心態，又何嘗不和其弟崇禎帝如出一轍?同年四月，代理刑部的右侍郎，之前文章提到的呂坤好友楊東明將審理結果和擬定罪罰上奏:
茂拐帶登撫陶朗先招兵銀三百兩，又手受李永芳銀百八十兩，依境內奸細走透消息于外人者，律斬。佟卜年究問無實跡，但與叛賊佟飬性同族，依律流二千里安置。而明旨嚴切，臣等未敢輕縱，或從安置，或令自裁，威福操自朝廷，非臣等所得擅議。 得旨:杜茂奸細情形，招審明確，依律正罪。佟卜年未見歸一，法司職司謂何?還據律問擬來奏。 -《明熹宗實錄》卷二十四
楊東明此疏完全是應付上意，知道杜茂必死無疑，且募兵不效是事實，因此處決。但佟卜年終究「問無實跡」，而且點名其真正罪名幾乎是莫須有的「與叛賊同族」因此擬了較輕的流放邊疆，並把球踢回給皇帝決定。熹宗當然看得出來，他就是想嚴厲處置奸細，不全部處決都不合意，因此再次下旨要求刑部承擔。
但楊東明始終堅持只判流罪，繼續受到皇帝責難，同時朝中東林處境越發艱難，核心人物鄒元標和馮從吾再受攻擊後，皆已離任。眼看事不可為，東明於年底請求退休獲准。後來接任尚書的孫瑋同樣持此意見，隔年天啟三年六月再次上疏會審結果:
以為卜年原無通逆之情，則不可罪以奸細。既為叛逆之族，則不可以辱縉紳。據法則流為應得，覈情則永戍亦當。合將佟卜年照引惹潛住例，改為永軍，仍行監候，待東事平定，照例發遣。 得旨:佟卜年係逆族，已有屢旨，如何不遵?著監候，俟東事平另擬。 -《明熹宗實錄》卷三十六
由於罪證缺乏，卻為了體諒上意，只得將流罪改擬為永遠充軍，因為後者大赦亦不適用，罪刑較重。熹宗顯然仍不滿意，勉與同意，並指示待收復遼東之後，仍要重新判刑。但遼東始終未復，佟卜年的下場於《實錄》中亦無從得知，大學士孫承宗(1563-1638)督師山海關時，曾希望起用同在獄中的熊廷弼和佟卜年，但未能成功。據《東林列傳》佟卜年於天啟五年(1625)九月死於獄中，離熊廷弼傳首九邊不到半個月，雙雙成為政治角力的犧牲品。
