淨因寺建於1925年，歷經多次產權轉移。1969年，基隆市政府民政局曾為整頓寺廟事務，計畫將其登記為財團法人並正式組織化，但寺方未依規辦理。1973年，寺廟方面再次進行擴建工程，卻遭檢舉為違建，最終被勒令停工，自此便長期荒廢至今。
多年來，因為無人維護，寺內神壇、骨灰罈等設施散落並長滿灰層，建築外觀破損，整體氛圍陰森，讓這座原本是修行之地的佛寺，逐漸變成民間口中的「鬼廟」。儘管當地居民多表示沒有親身遭遇靈異事件，但寺廟獨特的破敗景象，仍吸引了許多年輕人夜遊探險，也曾有遊民進駐，更成為許多靈異影片的熱門取景地點。
而淨因寺曾發生過幾次離奇的火災。2017年11月，寺廟四樓發生火警，消防人員很快就撲滅了火勢，所幸沒有人傷亡，但起火原因不明。當時推測可能是遊民焚燒紙錢所引發。沒想到在2019年5月31日，淨因寺再度發生火災，濃煙甚至遠至市中心都能看到，然而兩次的起火原因至今都還沒有釐清。
坊間傳說，當初寺廟創立時，廟祝離奇死亡，導致寺內神像未能妥善安座，也沒舉行正式的「入神」儀式，使得外靈入侵，造成靈異事件頻傳。據說曾有居民因此舉家搬遷，甚至有人表示，夜晚常常能聽見荒廢的寺中傳出木魚聲與鐘聲。
除了台灣的靈異節目曾深入探訪外，甚至還吸引來自加拿大的外國攝影師與他的女友專程造訪，並拍攝了一系列照片，讓「基隆鬼廟」聲名大噪。這也吸引了更多探險者前往，他們指出，廟中許多佛像竟然「背對著坐」或「雙眼被紅布蒙住」，這種情形在一般佛寺極為罕見，令人不寒而慄。據說是因為寺廟荒廢已久，神明早已離去，為防止外靈入侵，才將神像轉向並以紅布遮眼，用來「封靈」。
有探訪者甚至聲稱，曾在廟中發現一束頭髮與數片指甲，疑似用於詛咒儀式。現場也出現一些不屬於寺廟的兒童玩具，如學步車、小搖鈴等，這些被認為可能與「養小鬼」的民俗相關，是用來安撫靈體的供品。
有一名大學生與朋友夜探虎仔山時，大膽走入淨因寺大廳。他們手持手電筒，發現大廳擺著一堆神主牌，繼續往後走發現牆邊散落著骨灰罈。這時，一名同伴忽然說他感覺「有人從牆角盯著他」，但其他人什麼也沒看見。回家後，他連續三晚夢見一名無眼珠的老人坐在骨灰罈上對他微笑，最後只好前往宮廟收驚才恢復正常。
另一名網友也分享，他們探訪寺廟時曾聽見鍾聲，但當時無人靠近鐘體，現場也無風吹動，無法解釋聲音來源。後來他們前往三樓殘破的迴廊時，遠遠看見一名白衣身影靜靜站著、一動不動。當其中一人鼓起勇氣靠近，卻發現那其實是窗戶玻璃反射的自己，但他卻覺得那「倒影」的看起來不像自己。有人懷疑，那根本不是倒影，而是「祂」借用了影像來混淆視覺。
還有一位網友提到，他們一行人前往淨因寺探險。一進入寺廟範圍，就感覺到一股極度沉重的壓迫感，讓人喘不過氣。當他們深入寺廟內部時，其中一名夥伴開始感到頭痛欲裂、胸口發悶，甚至有想吐的感覺。雖然他們沒有看到具體的「鬼影」，但這種強烈的生理不適讓他們無法久留，草草結束了探險。事後這位朋友表示，那種不適感就像有無數雙眼睛在暗處盯著他，讓他至今想起仍心有餘悸。
由於長期荒廢且已成為治安死角，基隆市政府已決定於2025年8月正式動工拆除淨因寺，並預計於年底前完成，為這座充滿傳奇色彩的建築畫下句點。然而，淨因寺為四層樓鋼筋混凝土建築，基地面積約1270坪。由於位處山腰，且通往寺廟的巷弄狹窄，日後的拆除工程也被視為一項高難度挑戰。
這座即將被拆除的寺廟，留下的，或許不只是磚瓦，還有未解的謎團與無聲的祈求。
