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2000年，穆罕默德·胡斯尼·穆巴拉克已擔任總統近20年，埃及繼續維持共和制中央集權行政體系。尼羅河灌溉與水資源管理仍由國家統一控制，阿斯旺高壩與全國灌溉網絡確保農業生產穩定，棉花、小麥與稻米為主要作物。蘇伊士運河收入、僑匯與旅遊業是外匯主要來源。地方行政由中央任命的省長負責，村社層級的稅收與土地管理延續長期以來的結構。
2004年，穆巴拉克任命艾哈邁德·納齊夫（Ahmed Nazif）為總理，推行經濟改革，包括進一步私有化、吸引外資與簡化行政程序。經濟增長加速，但失業率與貧富差距問題持續存在。行政部門中，官僚體系與安全機構保持強大影響力。2005年9月，穆巴拉克在多黨競選中再次當選總統，任期延長至2011年。同一時期，憲法修改允許更多政黨參與，但執政的民族民主黨仍主導議會。
2000年代中期，國內政治反對聲浪逐漸增加。穆斯林兄弟會（Muslim Brotherhood）雖然被禁止組黨，但以獨立候選人身份參與選舉並獲得議席。2006–2010年，經濟改革帶來一定增長，但食品價格上漲與青年失業引發社會不滿。尼羅河水資源分配仍是國家重要議題，埃及與上游國家就尼羅河水協定進行談判。行政連續性體現在政府對基礎設施的持續投資，包括道路、電力與通訊網絡的擴建。
2010年11月，議會選舉舉行，民族民主黨再次取得壓倒性勝利，反對黨指責選舉存在舞弊。2010年12月，突尼斯爆發「茉莉花革命」，引發阿拉伯地區連鎖效應。2011年1月25日，埃及民眾在開羅解放廣場（Tahrir Square）與全國多地發起大規模示威，要求結束緊急狀態、反對腐敗與要求穆巴拉克下台。示威持續18天，軍方保持中立。
2011年2月11日，穆巴拉克宣布辭去總統職務，將權力移交給最高軍事委員會（Supreme Council of the Armed Forces）。這標誌著穆巴拉克執政30年的結束。最高軍事委員會接管國家事務，暫停憲法並解散議會，承諾在半年內舉行自由選舉。尼羅河管理與日常行政機構繼續運作，未因政權更迭而中斷。
