「廁所」經常被與穢物、病菌畫上等號，早在幾十年前就有研究顯示，每當沖水時，馬桶中的病菌就會噴濺到馬桶外、天花板、地板和牆壁，當然擺放在一旁的牙刷、毛巾也難逃一劫。
如果是在公共場所的廁所，雖然沒有盥洗用品，仍要注意最容易窩藏病菌的門把和水龍頭。胸腔暨重症科醫師黃軒建議，公共場所的水龍頭改為感應式，雙手可減少接觸到病菌的機會；如果是座式馬桶，最好先蓋上馬桶蓋再沖水，避免病菌隨著水花噴濺。
病菌無所不在，聽來實在讓人心驚，不過黃軒倒認為不必過度擔心，因為勤洗手就是最好的保護方式；例如公廁常見的大腸桿菌可能引發腸胃疾病，但有研究顯示，只要勤洗手，每年可降低得到腸胃道疾病的機率約3到4成。
