「比叡山焼き討ち」戰國時代織田信長最著名的事件之一。
1571年（元龜2）比叡山僧兵支援敵軍淺井、朝倉，與織田信長對立。於是他先禮後兵，向寺方提出請求條件，一、答應協助，我則歸還之前佔領的領土，二、不答應，那佛門中保持中立，三、要是敢幫淺井、朝倉，我直接燒山。
條理分明的條件，很有信長風格，比叡山當然不信真敢動他們，直接無視警告的拒絕。織田信長面臨突破各方勢力的包圍網突，也為開通近江水運流通商業，多種考量讓決定出兵，徹底摧毀軍事機能威脅。
寺方終於發現事態不妙慌了，趕緊拿出黃金300，懇請停止攻擊，信長冷酷的將來使轟走。坂本週遭的僧兵僧侶、居民妻兒逃亡根本中堂。
9月12日織田信長發動全軍進攻，在坂本、堅田附近放火，鐵了心一把火燒乾淨，必須要殺雞儆猴，冷冷盯著躲在堂中的人們被拉出來，無論僧俗、男女小孩一律斬首。
『信長公記』紀錄殺了千人、路易斯書簡1500人、『言繼卿記』則是3000-4000人。
另外信長派人嚴密包圍防止脫逃下山者，當時只有豐臣秀吉負責的那區特別鬆散，他當然知道僧僧侶帶著珍貴典籍逃下山，秀吉故意放水的心思，確實值得玩味。
大肆燒殺比叡山震驚天下，甲斐武田信玄憤然說「信長根本是天魔降世」，連佛教聖地也不放在眼裡，並庇護逃出僧侶，並表示會協助重建。
消息傳到朝廷，『言繼卿記』雖然寫幾句責難，但朝廷並未做出正式譴責，可能是戰國時期朝廷及將軍實權早已弱化，恐懼武裝勢力而不敢多嘴。
從史料看出不少對比叡山頗有微詞，奈良興福寺『多聞院日記』指出「比叡山僧侶怠惰修行，走向末路。」
那時比叡山長年為達目的訓練僧兵，藉著神佛名義霸道橫行、中飽私囊，早已遠離當時最澄創建初衷。僧侶沈溺酒色，疏於修行念佛，還跟百姓變相發放高利貸「祠堂錢」。（一種組織坐大內部腐敗概念）
多數百姓早就看不順眼，說不定還有幸災樂禍，終於有人敢給他們教訓。
近年考古發掘研究，真正燒毀的只有根本中堂和大講堂，許多僧堂早在放火前就荒廢，『言繼卿記』記載殘虐殺戮人數誇大其詞。
現有歷史學大多不怎麼同情比叡山，表現贊同信長比叡山燒殺的軍事行動，目的破除老舊權威、擺脫宗教束縛，掃蕩得意忘形、打著宗教旗幟卻褻瀆神佛的腐敗集團。
信長在世時當然不允許延曆寺重建，直到他死後，正新町天皇及青蓮院尊朝法親王投入復興，1584年（天正12）秀吉得到許可重建。
江戶時期德川家康、天海也不遺餘力修繕各僧坊，多少恢復過往規模。
