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在伊莎貝拉女王駕崩後不久，斐迪南續娶了法國國王路易十二（Louis XII）的外甥女富瓦的日爾曼妮（Germaine of Foix），她同時也是斐迪南的外甥孫女（姊姊的孫女），她的年紀比丈夫最小的女兒阿拉貢的凱瑟琳還小三歲。斐迪南寄望年輕的妻子能為他帶來男性子嗣，如此一來可排除胡安娜和其後代繼承阿拉貢的王位。不過，這段婚姻中，日爾曼妮僅誕下過一個出生幾小時便夭折的男嬰。
於是，在1516年，斐迪南駕崩時，胡安娜成為卡斯提爾與阿拉貢兩國的女王。不過，長年被監禁的胡安娜並不知情，直到她的長子查理五世（Charles V, Holy Roman Emperor）和長女艾莉諾（Eleanor of Austria ）為了繼承事宜來見她時，她才和外界有了聯繫。她同意和兒子查理「共同」統治卡斯提爾與阿拉貢，實際上就是將統治權讓給查理。
查理從小到大被告知母親發瘋，所以需要被監禁。他見了許久沒見的母親，除了繼承事宜，還説了什麼？他對於母親的處境有什麼想法？都沒有被記錄下來。他唯一做的改變，就是將幼妹凱瑟琳帶離母親，讓凱瑟琳接觸外面的世界，為將來的聯姻作準備。這讓胡安娜感到沮喪，畢竟女兒凱瑟琳，是她多年來唯一的談話對象。
後來，卡斯提爾發生叛亂，他們希望推翻查理五世，讓真正的君主胡安娜恢復實質統治，他們攻入監禁胡安娜的城堡，請求胡安娜在諸多文件上簽字，以加強他們反抗的正當性。這是胡安娜獲得自由的最後一次機會。但她卻找各種理由拖延，拒絕在文件上簽字，她選擇讓自己的兒子繼續統治。而在叛亂被平定後，胡安娜被轉移到更隱密的地點監禁。
實際上，她的兒孫還是會去拜訪她，只是次數不多，偶爾也會送她禮物。雖然她終身大多數的時間遭到監禁，她仍活得相當長壽，在1555年享壽75歲駕崩，是所有手足中最後離開人世的。查理五世以女王之禮為母親下葬，自己也宣佈退位，將帝國版圖一分為二，交給兒子與弟弟治理，自己歸隱修道院，三年後駕崩。
對於胡安娜「發瘋」的原因，歷史上有許多推斷：源自外婆的精神病、小時候因質疑宗教而疑似遭到酷刑般的責罰、婚姻生活的抑鬱或是長期受監禁且遭到看管人的虐待。
從她一生的事蹟，可看出她似乎精神不穩定，但不到完全失常。不然，幼女凱瑟琳不會交由她照養，她也不會拒絕為叛軍簽字以維護兒子的權力。而且在胡安娜守寡後，英國國王亨利七世曾想娶她作續弦，如果她真的發瘋，作客英國時，亨利七世會沒有察覺嗎？
因此，歷史學家普遍認為「瘋女胡安娜」這個形象是她的丈夫、父親與兒子為了自身的政治利益所創造出來的產物。唯有讓人民相信她精神失常，他們才有權幫她代管國家。
胡安娜的故事，我其實思考了很久，掙扎該如何下筆？她的一生，是場家庭悲劇。幾百年來，對於她是真瘋、假瘋，為何而瘋？眾説紛紜，不管如何，我認為沒有人真正理解她的想法，考慮她的需求，才是她的悲劇中最悲劇的一點。她情緒化、精神不穩定，以客觀地角度而言，的確不是合適的君主人選。但她的親人為了政治考量與私利，忽視了對她的照護和關心。最終，也只有兒子在其過世後，表現出愧疚之情。
她的大半人生都與世隔絕的活著，誰還會記得她曾是那位備受稱讚、聰明伶俐又多才多藝的公主呢？
