吳茱萸湯在《傷寒論》中的主要應用條文：
- 陽明病：「食穀欲嘔，屬陽明也，吳茱萸湯主之。」
- 少陰病：「少陰病，吐利，手足逆冷，煩躁欲死者，吳茱萸湯主之。」
- 厥陰病：「乾嘔，吐涎沫，頭痛者，吳茱萸湯主之。」
清吳謙在《醫宗金鑑》中解釋陽明病之吳茱萸湯：「食穀欲嘔，属陽明者，以胃主受納也，今胃中寒，不能納穀，故欲嘔也。以吳茱萸湯溫中降逆，而止其嘔可也。若得湯反劇者，此必非中焦陽明之裏寒，乃上焦太陽之表熱也。」指出吳茱萸湯治療胃中寒，明代方有執也在《傷寒論條辨》中說道：「食穀欲嘔，胃寒也，故曰屬陽明，言與惡寒嘔逆不同也。茱萸辛溫，散寒下氣，人參甘溫，固氣安中，大棗益胃，生薑止嘔。四物者，所以為陽明安穀之主治也。」食榖欲嘔是因胃中寒，吳茱萸湯能溫中降逆，同上篇所說，吳茱萸能散寒並能下氣，治嘔逆。
少陰病的部分，成無己在《註解傷寒論》中認為：「吐利，手足厥冷，則陰寒氣甚，煩躁欲死者，陽氣內爭。與吳茱萸湯，助陽散寒。」尤怡在《傷寒貫珠集》中說：「此寒中少陰，而復上攻陽明之證。吐利厥冷，煩躁欲死者，陰邪盛極而陽氣不勝也，故以吳茱萸溫裡散寒為主，而既吐且利，中氣必傷，故以人參、大棗益虛安中為輔也。」清陳修園也在《傷寒論淺註》中表示：「少陰先天水火之氣，皆賴後天中土以資生而資始也。醫者必明乎此，方可與言少陰之證治。少陰病上吐下利則中土虛矣。中土虛不能灌溉四旁，故手足厥冷。不能交媾水火，故煩躁。其煩躁欲死者，水自水，火自火，陰陽欲合而不得也，以吳茱萸湯主之。」可知吐利厥冷，煩躁欲死是因中土陰邪極盛，所以用吳茱萸湯治療中焦之寒。
厥陰病：「乾嘔，吐涎沫，頭痛者，吳茱萸湯主之。」成無己在《註解傷寒論》中說：「乾嘔，吐涎沫者，裡寒也，頭痛者，寒氣上攻也，與吳茱萸溫裡散寒。」成無己由乾嘔，吐涎沫之症狀判定為其人之病因為裡寒，頭痛乃因寒氣上攻，可之為中焦寒邪盛，故用吳茱萸湯。明柯琴在《傷寒來蘇集．傷寒論注》中註解：「嘔而無物，胃虛可知矣；吐惟涎沫，胃寒可知矣，頭痛者，陽氣不足，陰寒得以乘之也。吳茱萸湯溫中益氣，升陽散寒，嘔、痛盡除矣。乾嘔、吐涎是二證，不是並見。」關於這條另加註解：「乾嘔，吐涎沫，頭痛者，吳茱萸湯主之；不頭痛者，半夏乾薑湯主之。」由成無己及柯琴兩位解釋可總結為：乾嘔，是因胃虛；吐涎沫，是因胃寒；並加頭痛之證，則是因寒邪上逆，可知中焦之寒邪盛，故用吳茱萸除胃中之寒，以蔘姜棗補益胃虛。故柯琴另補：若不頭痛，表示無寒邪盛，則用半夏乾薑湯即可。
在《傷寒論》中，出現吳茱萸的還有當歸四逆湯的：若其人內有久寒者，宜當歸四逆加吳茱萸生薑湯主之。成無己在《註解傷寒論》中說：「茱萸辛溫，以散久寒；生薑辛溫，以行陽氣。」方有執在《傷寒論條辨》中說：「吳茱萸溫臟以散寒也。生薑者。佐棗以和陰陽也。」可知吳茱萸在當歸四逆湯中的功用，是以其辛溫散臟之久寒，
經以上討論吳茱萸在《傷寒論》中的治療，可知吳茱萸湯各藥分工是「吳茱萸溫裡散寒為主，人參、大棗益虛安中為輔。」
桂枝湯是大家分享最多的，也是分享篇幅最長的了，我就不談了。接下來談談：溫經湯的藥物組成中，有吳茱萸湯與桂枝湯，而兩方相同的藥：大棗，溫經湯反而去掉，下篇我們來談談為什麼溫經湯中沒有大棗。
