前情提要
上一次我們說到貓玩偶凱特西竟然是間諜，偷走了古代種神殿的鑰匙交給了神羅的人，並且挾持了瑪琳並且決定和克勞德一行人一起前往古代種神殿。他想要看看這一群人的能耐，還有反思自己為神羅賣命的價值。
前往古代種神殿是為了要追賽菲羅斯，因為聽說古代種神殿內據說有究極毀滅魔法。而神羅的人也是為了追賽菲羅斯，但神羅是希望依靠賽菲羅斯找到約束之地，進而取得數之不盡的魔晄能源。
因為巴雷特的養女瑪琳現在在神羅公司的手上，因此克勞德一行人只好照著凱特西的話做，從金碟遊樂場離開，並且搭著野馬號前往古代種神殿。
今天的故事就從這裡開始啦~
古代種神殿
他們一行人到達了古代種神殿，在門口看到了一個披著黑色披風的人倒在路邊，身上的刺青是"9"。接著他們進去了古代種神殿。
(大地圖上看到的古代種神殿)
在裡面他們看到曾倒在了祭壇邊，克勞德靠近看到了他。曾用無力的口氣說"這裡不是約束之地..."，接著他把搶來的鑰匙交給了克勞德，希望他們能夠阻止賽菲羅斯，不管是什麼事。最後曾要艾麗絲小心安全，就倒在旁邊昏死過去。
艾麗絲流下淚來說:
"我們在很小的時候就認識了...其實這世界上真正了解我的人並不多..."
接著他們將鑰匙放在了祭壇上，進入了一個複雜的迷宮。
(補述: 曾很早就開始監視艾麗絲了，而艾麗絲在小時候遇到曾時，以為他是來保護她不受神羅公司傷害的英雄，直到曾自己坦白他是神羅塔克斯的成員後艾麗絲才改觀，但曾仍然對艾麗絲有著複雜的情感。)
在千辛萬苦解決了迷宮的難題，他們到達了一個水池，裡面充滿著古代種的意識。由水池中反射出的畫面中，他們看到了曾在剛進來神殿時發生的事情，賽菲羅斯從後面襲擊了曾，在那之後賽菲羅斯告訴曾這裡並不是約束之地就離開了。
賽菲羅斯的目的
接著又經過了許多困難的道路，克勞德一行人到達了一個滿是壁畫的房間，看到了賽菲羅斯在欣賞著壁畫，追了上去。賽菲羅斯一副無所謂的樣子，說出了他的目的
"和星球合為一體，成為新的存在，做為神而統御星球上所有的靈魂。"
"星球是活著的，而當星球受到損傷，則他會使用精神能量(生命之源)來醫治傷口，而當星球受到足以威脅星球生命的極大傷害，那麼將會有多大的精神能量湧入傷口呢? 這時只要我在那傷口的中心，那麼那些無窮無盡的能量也就歸我所有了!!"
而那威脅到星球生命的傷害，就是這個神殿內隱藏的黑魔石所發動的究極毀滅魔法 - 隕石。
接著賽菲羅斯就消失了。
失控的克勞德
克勞德看著牆上的壁畫，壁畫敘述了古代種封印了黑魔石於神殿內，並且黑魔石能夠招喚隕石等事。然後克勞德好像失控一樣大笑著
"哈哈哈!!!!黑魔石....哈哈哈!!!招喚隕石!!!!"
接著克勞德的身體像是被附身一樣無法控制的亂動。
"克勞德!!!控制一下你自己!!!!"在艾麗絲的呼喊下克勞德回過神來。
然後他們走到了盡頭，看見了一個和神殿一樣形狀但卻比較小的模型，上面寫著"黑魔石"。
艾麗絲在跟充滿神殿的古代種意識交流了後知道這整個神殿就是黑魔石本身，如果要把它拿走，就得靠著這個模型的機關將神殿縮小，但同時在神殿內的人也將因被擠壓而死去，這就是古代種的人們為了防止其他人將這個危險的魔法帶走所作的防護措施。
克勞德還是希望能把黑魔石帶出去，避免賽菲羅斯利用那些穿著黑披風的複製品來獲得黑魔石，最後凱特西站了出來，因為他只是個玩具身體，所以就算被神殿壓扁也不會怎麼樣。
最後大家同意凱特西留在這邊開啟黑魔石的機關。在大家要逃離神殿時，凱特西說
"謝謝你們，知道我是間諜還那麼相信我，這是最後...最後的告別了!!!"
艾麗絲說: "堅強點!!凱特西!!"
凱特西很感動有人在最後仍給他鼓勵
"那麼...再見了...我想，我該拯救這個星球了..." 接著發動了機關。
神殿整個縮小不見，而原本神殿所在的位置出現了一個很深的窪地。
黑魔石
克勞德和艾麗絲兩人往下走回因為神殿消失而產生出的窪地內，撿起了那個由神殿變成的黑魔石。克勞德詢問要怎麼樣才能發動這個究極魔法，艾麗絲解釋道這需要強大的精神能量才能發動，譬如說在約束之地。
正當他正在解釋時，賽菲羅斯再次出現了，"醒來吧!!!!"。
在賽菲羅斯的一聲呼喊下，克勞德開始覺得不對勁，抱著頭倒在地上。接著彷彿有一種力量強制施加於克勞德一般，克勞德身體不受控制，用非常緩慢的速度向賽菲羅斯走去，每一步都好像費勁所有力氣一般。然後克勞德緩緩的，將黑魔石交給了賽菲羅斯，然後倒在了地上。
賽菲羅斯雀躍的飛上了天空消失了。
克勞德不敢相信自己做了甚麼，但身體仍就不聽使喚，當艾麗絲前去幫助克勞德時，卻被克勞德一拳打倒在地，接著克勞德衝了上去不斷攻擊倒在地上的艾麗絲，最後蒂法衝下窪地阻止了克勞德。
克勞德躺在地上無力的說
"我做了什麼.....? 我什麼也想不起來…我的記憶從什麼時候…" 接著昏了過去。
此時凱特西出場的不是時候
"我是凱特西2號!!很高興見到大家!!"
(補述: 克勞德總算發現了他的身上有甚麼不對勁，到底自己是不是克勞德呢?為什麼會被賽菲羅斯操控呢?克勞德自身對這件事產生了許多疑問。
事實是在克勞德被關在神羅大屋成為寶條實驗品之時，因研究所需而被注射了賽菲羅斯的細胞。但當時被判定是賽菲羅斯複製體的失敗品，再加上之後的逃脫，因此他的身上並沒有像其他複製體一樣的刺青，但他仍然屬於賽菲羅斯的複製體之一，因此會無意識的實行重組行動。
重組在之前有說過就是一種複製品希望能夠和本體合為一體的意志，進而會往本體的方向前進。)
艾麗絲的道別
在昏迷中，克勞德見到了一片森林，見到了艾麗絲。艾麗絲決定要通過這片森林進入古代種所居住的地方古代種之都，她像是被古代種的意識指引一般，好像能找到阻止賽菲羅斯發動隕石魔法的方法。在這夢境中，艾麗絲跟克勞德道別。
"那麼，我該走了。這一切結束之後，我就會回來。"
艾麗絲說完，朝著森林的盡頭跑去，消失在光亮中。
接著克勞德在一個旅館醒了過來，艾麗絲真的已經離開了他們。克勞德和其他人敘述了艾麗絲前往古代種之都，雖然希望能夠追上艾麗絲，但卻害怕自己再次不受控制。
巴雷特說
"我只想知道，你打算怎麼辦?你想要找回自己嗎?還是害怕找出真相?不管怎樣，你留在這裡就只能胡思亂想而已。就算你見到賽菲羅斯的時候你又發瘋...如果是這樣，我會跑進你那白痴腦袋裡面，把你帶回來!!"
蒂法接著說
"克勞德，不會有事的。我們都和你在一起呢!!"
在巴雷特及蒂法的鼓勵下，克勞德決定還是要去找艾麗絲。
古代種之都
他們一路闖進了古代種之都，這是一個由巨大貝殼搭建成的都市。進入了中央的建築，那建築內部四周由湖水所環繞，而中間有一個高起的神壇，艾麗絲正跪在神壇上，閉著眼睛祈禱著。
克勞德一個人上到了神壇之上，在艾麗絲的面前停下了腳步。此時克勞德再次不受控制，拔出了他的大劍，在自己精神無法阻止的情況下，向著艾麗絲砍去。
在那關鍵之時，蒂法大叫 --
"住手!!!!!"
克勞德總算拿回了肢體的控制權，停了下來。
艾麗絲睜開了眼睛，看到了克勞德，她笑了。
艾麗絲
但在這時，一個黑影快速的從天而降，一切都發生在克勞德的眼前，賽菲羅斯用刀刺穿了艾麗絲的身體。接著他用邪惡的表情看了克勞德，拔出了刀。艾麗絲向前倒下，倒進了克勞德的懷裡。
她的髮帶鬆脫了，而一個閃著綠光的魔石掉了出來，最後掉進了湖水之中。
克勞德震驚跟難過，並且也氣憤自己在關鍵時刻卻沒辦法幫艾麗絲擋下這攻擊，就在他眼前。
"艾麗絲走了。艾麗絲再也不會說話...不會笑...不會哭...也不會生氣..."
克勞德低語著。
賽菲羅斯笑著說
"你是想告訴我們你是有感情的嗎? 我告訴你吧...克勞德，你...是個....傀儡。"
接著賽菲羅斯又再次離開了，在賽菲羅斯成功阻止了艾麗絲的計畫後，接著他就要到約束之地去取得強大的精神能源了。
大家環繞著艾麗絲，看了艾麗絲最後一眼。之後，克勞德抱起了艾麗絲，在湖面上緩緩的放下了艾麗絲，讓艾麗絲沉入了湖水之中，越來越深，直到被湖水完全掩蓋消失。
沉澱再出發
在事情之後，大家花了很長的時間沉澱心情，尤其是克勞德。最後克勞德招集了所有夥伴，明白的說明了自己。
(蒂法的哭哭臉)
克勞德說他是前任戰士，跟賽菲羅斯的仇從他的故鄉被毀滅之後就開始了，他是依靠自己的意願想要追著賽菲羅斯，並不是被賽菲羅斯所控制。
但是在他的體內，仍有許多連他自己也不能理解的部分，那些不屬於他的部分。
如今賽菲羅斯又殺了艾麗絲，而且最終要毀滅星球，他希望能阻止賽菲羅斯。克勞德詢問有沒有人肯跟著他繼續前進，並且在他作出無可挽回的事之前阻止他。
大家最終還是決定要一起面對。而現在可能永遠也不知道艾麗絲要如何解決賽菲羅斯發動隕石，但她們仍能在賽菲羅斯發動之前，把黑魔石奪回來，這就是最後的方法。
(艾麗絲永遠活在大家的心中)
艾麗絲的故鄉冬之村
離開了古代種之都，克勞德腦中突然浮現出了賽菲羅斯離開的影像，要他們一夥人往北邊穿過雪原。他們穿過了雪原，到達了一個被雪包圍的村子"冬之村"。在一棟無人的民房內，他們發現了一台錄影器具，裡面存著幾個留存下來的錄像存檔。
從錄像得知，這裡是艾麗絲的故鄉，而他的親生父母則是加斯特博士和身為古代種的母親Ifalna。當時加斯特博士離開神羅的科學部門之後，認識了身為最後古代人的Ifalna。
最初是因為想要更了解古代人，因此加斯特和Ifalna住在一起並且進行觀測與訪談，從訪談中的錄像中，我們得知了星球曾經為了保衛自己並防止外星生物傑諾瓦的入侵，因此創造了名為"武器"的最終兵器，這些"武器"也隨著傑諾瓦被封印在地底而沉睡於星球某處。
隨著時間的過去，兩人日久生情並生下了艾麗絲。這樣幸福的時光一直持續到了新的科學部門負責人寶條找到加斯特的住所，並且強行帶走了Ifalna與艾麗絲母女，殺害了加斯特博士。錄像在此中斷了。
之後就是我們所知道的，Ifalna帶著艾麗絲從科學部門逃脫，儘管身上受到了嚴重的槍傷，她還是把艾麗絲帶到了魔晄都市米德加，並且正好被艾麗絲的養母Elmyra發現，最後Ifalna在車站斷了氣，而Elmyra把艾麗絲養育成人。
北方大空洞
離開了冬之村，他們一行人繼續往北走，一直走到極北地區的北方大空洞，看到許多批著黑色斗篷的賽菲羅斯複製體也不斷的往前走，經過了一座吊橋後在前方看見了賽菲羅斯的精神體站在眾人的面前，擊敗了他之後取回了黑魔石。
接著克勞德打算進入大空洞的深處殺死賽菲羅斯並徹底阻止他的野心，蒂法認為由進入的人帶著黑魔石是非常危險的，因此請赤紅XIII拿著黑魔石在洞穴外等待他們的歸來。克勞德跟蒂法一直往洞穴內走去，在一片白光之後，她們發現自己身在兩人的家鄉尼布爾海姆。接著他們看見過去的影像，顯然是賽菲羅斯特地呈現給他們看的。
真正的過去
當年賽菲羅斯帶領著兩個隊員前往尼布爾海姆調查魔晄爐，其中一個隊員帶著頭盔，看不見長相，而另一個隊員則是一頭黑色刺髮，背後背著一把大劍。卻沒有看見克勞德的蹤影。
蒂法知道事情不對，這個影像足以摧毀之前好不容易建立好的情誼，因此希望賽菲羅斯能趕快停下來，而克勞德則是逃避似的說著這只是幻覺而已。
接著他們看到了另外一個影像，是賽菲羅斯放火屠村時，也是那個黑色刺髮的青年在村裡四處奔波救人，而沒有看見克勞德。
克勞德此時對空喊到
"賽菲羅斯!!我知道你想說什麼!就是我5年前根本不在尼布爾海姆。就是這句話，對嗎？"
賽菲羅斯的聲音在空中回應到"我看你終於明白了。"
但克勞德還是認為這只是賽菲羅斯給他們看的幻象，事實上根本就不是這樣。賽菲羅斯則是說道，克勞德是尼布爾海姆事件之後，寶條博士造出來的一個賽菲羅斯的複製品，只是一個魁儡，而且還是個失敗品，連記憶也是假的。
蒂法慌張的說
"克勞德……别聽他的……蓋住耳朵！閉上眼睛！"
克勞德雖然有點徬徨但還是回道
"怎麼了?我根本不受影響啊....我根本不在意他！"
賽菲羅斯則是看出蒂法的慌張，並且描述道當時在前往魔晄爐勘查之前，賽菲羅斯曾經跟他們合照過一張照片，可以直接來看看照片中的究竟是誰。
接著他們看到了照片，這張照片是賽菲羅斯、蒂法和那個黑色刺蝟頭的青年三人的合照，照片中也沒有出現克勞德的身影。隨著身旁景色漸漸變暗，克勞德勉強的回想以前曾經發生過的事情，但卻怎麼樣也想不起到底當時是怎麼升上戰士1st 的。在這之後，他們回到了大空洞的內部，克勞德雖然現在腦中整個非常混亂，但還是繼續前進。
放棄的克勞德
同一時間中，在外面赤紅XIII聽見了蒂法的求救，因此毅然決然的往洞穴內奔去，卻不知道這是賽菲羅斯產生的幻覺，讓赤紅XIII自投羅網。
在洞穴中除了克勞德一行人以外，還有為了找到約束之地而跟著賽菲羅斯前進的神羅公司總裁路法斯和科學部門的主管寶條。
赤紅XIII衝進了洞穴內，見到了克勞德。克勞德希望赤紅XIII將黑魔石交出來，蒂法在旁邊吶喊，但赤紅XIII卻好像什麼都沒聽見似的，逕自的把黑魔石交給了克勞德。克勞德轉身跟每個人了道歉，最後轉向蒂法說:
"蒂法...我真的非常抱歉。你一直對我很好……我不知道該說什麼……我從來就不是'克勞德'。 蒂法……也許有一天，你會遇到真正的'克勞德'。"
接著克勞德像是懸絲魁儡一般飛上了空，接近了大空洞中心，看見了保存賽菲羅斯本體的一個繭，克勞德伸手把黑魔石放進其中。
接著一陣驚天動地，洞穴開始倒塌，除了克勞德以外的其他人迫於情勢而上了路法斯的飛船。在此時從大空洞的中心衝出了五隻巨獸，往四處飛去，原來是因為黑魔石發動了究極魔法召換了隕石，讓星球感受到了危機的意識，因此五隻武器也從星球內部覺醒。
賽菲羅斯抹殺失敗，隕石已經被召換，武器復活，克勞德崩潰失蹤。到底還能有什麼比這更慘的呢？
讓我們期待下一回：
本傳完結篇 - 愛與勇氣的大冒險‧最終幻想。
