和平重新降臨英格蘭王國後，擔任攝政的彭布洛克伯爵威廉‧馬歇爾便於不久之後撒手人寰，貴族們於是另舉肯特伯爵于伯特‧德‧伯格(Hubert de Burgh)繼任攝政。肯特伯爵于伯特‧德‧伯格一如前任，多次頒布《大憲章》，以維繫政權安定。1227年，亨利三世總算成年，擺脫了攝政對他的控制，初掌大權的亨利三世很快地就必須為了保衛自己在法蘭西殘存的封邑，不得不將王叔威廉‧隆格斯佩(William Longespée)及弟弟康瓦爾伯爵理察(Richard)派往普瓦圖、加斯科涅、吉耶訥等地，與老對手剛繼位為法蘭西國王的路易八世作戰。
亨利三世對外除了派兵鞏固金雀花王朝的海外基業外，對內他也開始積極收回失墜的王權。過去的攝政，如今擔任大法官的于伯特‧德‧伯格深為諸侯所忌，幾經流言中傷，終於在1232年被解職，並被投入獄中。接替他的則是來自普瓦圖的溫徹斯特主教彼德‧德‧羅切斯(Peter des Roches)，但彼德‧德‧羅切斯強硬手段的統治並不符合人心，男爵們於是再掀叛亂，不過這次風暴很快地就度過了，叛亂很快就遭到平定。不過，溫徹斯特主教彼德‧德‧羅切斯的好日子也沒過多久，專暴如故的溫徹斯特主教彼德‧德‧羅切斯仍舊引來諸多仇恨，最終亨利三世迫於壓力向貴族妥協，溫徹斯特主教彼德‧德‧羅切斯還是遭到解職。
1236年1月14日，亨利三世在坎特伯里主教座堂迎娶普羅旺斯伯爵拉蒙‧貝倫格爾四世(Ramon Berenguer IV)之女普羅旺斯的埃蓮諾(Eleanor of Provence)。普羅旺斯的埃蓮諾雖然是亨利三世忠貞的伴侶，但追隨他而來的奧克人卻因為亨利三世的愛烏及屋，大量地進入英格蘭朝廷，從而破壞了國王與英格蘭貴族間的關係。英格蘭貴族為了排擠這些異國寵臣，對他們大肆批評，但國王亨利三世對他們仍舊深信不疑，完全不理會這些抨擊。接著亨利三世的異母兄弟們也先後自加斯科涅前來，成為朝中新貴，一時間外邦人盤據高位，讓英格蘭貴族更為嫉恨。這些外邦新貴也仗著王恩，藐視英格蘭的法律傳統，恣意妄為，更是加深了貴族們的怨念。
1242年，亨利三世再次於法蘭西發起軍事冒險，意圖匡復祖業，然而卻栽了個大跟斗。亨利三世不但沒有取勝，還丟失了普瓦圖伯國全土。軍事失敗加深了英格蘭貴族對他的不滿。與此同時，亨利三世對寵臣的浮濫賞賜，更使王國財政雪上加霜。為了彌補財政缺口，亨利三世幾次召開議會，允諾遵守《大憲章》，卻又屢屢食言，放任寵臣恣意妄為。屢次背信，使亨利三世的信用掃地，英格蘭貴族於是一再要求亨利三世發誓遵守《大憲章》，然而誓言猶言在耳，亨利三世的寵臣仍舊不理不睬，依然故我。
無視《大憲章》的限制，對教會與全體國民橫徵暴斂、放任外國寵臣任意行事，終於導致民怨沸騰。亨利三世的軟弱無信與優柔寡斷，既引起了貴族們的不安份，也給了一直伺機而動的萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾(Simon V de Montfort)一個天賜良機。萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾原本也是依賴王恩崛起的新貴之一，但卻因故與亨利三世反目。萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾發現站到英格蘭民眾的一方更有利可圖，於是開始四處宣揚到國王及其寵臣破壞《大憲章》的惡行惡狀，並煽動英格蘭人反對異邦權貴，同時積極與英格蘭貴族打好關係，使自己能擺脫外人的身分，成為他們中的一分子。
在萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾的領導下，英格蘭貴族們開始聯合起來向國王要求更多的發言權。1254年，亨利三世輕信教廷的空頭支票，未經議會同意就揮霍重金，以圖為次子愛德蒙(Edmund)奪取西西里王國，最後竟是竹籃打水，徒增財政赤字。為了讓這次的冒險繼續下去，亨利三世只能於1258年再次召集議會，英格蘭貴族們不願輕信毀約多次的國王，因此推戴萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾為首，以武力逼迫英格蘭國王亨利三世同意簽署《牛津條例》，將權力交給由國王與議會分別提名12人的二十四人委員會來進行改革。二十四人委員會雖然試圖改革，便建立起現今英國兩院制國會的雛形。但此後數年，英格蘭王國的局勢卻未因此緩和，英格蘭國王亨利三世與貴族反而越走越遠，最後雙方開始進行軍事準備。
1263年，隱伏已久的衝突終於引發內戰，萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾和反對國王的男爵們迅速地占有包含倫敦在內的英格蘭東南各郡，並對各地的保王派展開全面進攻。1264年，萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾率軍在蘇塞克斯郡的劉易斯與保王派軍隊展開決戰，雖然英格蘭王太子愛德華(Edward)表現英勇，痛擊當面的男爵派軍隊，更因此忘情廝殺，全然忘了保王派各路軍隊的存亡。萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾見此，於是率軍先後擊破保王派各軍，待愛德華回過神來，保王派各路兵馬已紛紛敗下陣去，英格蘭國王亨利三世也不幸被俘。英格蘭王太子愛德華，最後只能被迫投降，成為萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾手中的人質。
萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾掌握全體王族後，將亨利三世牢牢掌握在手中作為傀儡，同時也利用國王下令保王派軍隊與城堡接收改編，從而使自己成為英格蘭王國的實際統治者。不過，風光沒幾個月，作為人質的英格蘭王太子愛德華逃脫，出面號召英格蘭貴族，並重組保王派軍隊。萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾為了強化自己統治的法理基礎，於是擴大召開議會，此舉雖未讓其統治更加穩固，但卻意外為英格蘭的議會傳統開了先例。
1265年，萊斯特伯爵西蒙五世‧德‧蒙福爾帶著英格蘭國王亨利三世率兵追擊愛德華的軍隊，直至威爾斯邊界時，他意外發現自己不但退路被截斷，更有落入愛德華的包圍圈的可能，便火速去信要他的兒子西蒙六世‧德‧蒙福爾(Simon VI de Montfort)帶兵來救。西蒙六世‧德‧蒙福爾於是迅速反應，火速進援，正當他以為英格蘭王太子愛德華將注意力都放在其父西蒙五世‧德‧蒙福爾身上，而放鬆戒備時，竟突然為愛德華所襲，西蒙六世‧德‧蒙福爾迅速敗走。不知西蒙六世‧德‧蒙福爾已敗退的西蒙五世‧德‧蒙福爾仍照預定計劃前往伊夫舍姆與援軍會師。當西蒙五世‧德‧蒙福爾以為順利與兒子會師之際，卻沒料到這隻軍隊竟然是打著西蒙六世‧德‧蒙福爾旗號的保王派軍隊，西蒙五世‧德‧蒙福爾猝不及防，只能苦戰突圍，然而他最終還是沒能逃出一命，西蒙五世‧德‧蒙福爾雖曾乞命，但仍被殺害。其長子亨利‧德‧蒙福爾(Henry de Montfort)等血戰之後先後陣亡，剩餘的男爵派軍隊為了拉亨利三世當陪葬，於是將他披盔帶甲地置於陣前。保王派軍隊對男爵派殘軍發起猛攻，身處男爵派陣營的亨利三世因為沒有被認出來，也被打傷，在生命垂危之際，亨利三世大喊：「我是溫徹斯特的亨利，你們的國王！」這個呼救幸運地使他免於一死，愛德華聞訊火速前來將他救出。西蒙五世‧德‧蒙福爾戰死，叛亂也大致底定，隨後愛德華先後掃平餘眾，很快地就恢復亨利三世的統治。
重新掌握大權的亨利三世深知此番重登大寶，有賴保王派貴族之助，因此主動重申《大憲章》，並比以往施政更為小心謹慎，對於男爵派的殘黨也不多加追究，僅對德‧蒙福爾家族嚴懲，其餘的重要叛軍領袖最多也不過沒入所領的7年稅金而已。由於這些寬大措施，亨利三世晚年的統治可以說是相對平穩的，英格蘭國內局勢粗定，王太子愛德華便於1270年率軍投身十字軍運動。1271年，亨利三世身體忽然惡化，為防不測亨利三世便去信要求愛德華返國，但愛德華並未返國。隨後亨利三世病體好轉，他便宣佈將投身十字軍運動，然而此後亨利三世的身體再度惡化，並不再好轉，經過病魔將近一年的折磨，亨利三世終於在1272年11月16日辭世於西敏。
