小憤青武士們挨了一頓打之後，猛然發現，以充滿武士道精神的肉體與鋼鐵砲彈激烈碰撞後，實驗結果好像慘了一點點，但僅憑1、2場局部戰爭要根除舊思想的禁錮也非易事。自西元1600年的關原會戰後，日本第二次東、西軍戰爭即將席捲全國，規模更大，而且更加慘烈。
長州藩一直以來都是攘夷的急先鋒，隨著民眾對於這些「夷人」的不滿情緒高漲，攘夷風潮席捲全國，長州藩一度主導了京都的政局，但在 1863 年，會津籓 (福島縣)、薩摩藩發動政變，長州藩被逐出京都。
心有不甘的激進攘夷份子在 1864 年 6 月 5 日於京都的「池田屋」密謀放火焚燒民宅，製造混亂，暗殺幕府要員，以及綁架天皇至長州，不過，世界上沒有不透風的牆，這個計劃被京都武裝警察「新選組」所知，許多長州藩士被新選組獵殺。此事讓長州藩怒髮衝冠大暴走，率兵進攻京都皇宮。
會津藩、桑名藩、大垣藩、薩摩藩組成 2 萬聯軍反擊，而長州藩只有 3000 人。在兵力懸殊的戰鬥下，長州藩慘敗，京都 27513 戸房屋被燒毀，811 條街道被摧毀，血腥味與硝煙瀰漫在這個幽靜的古都中，殘忍的殺戮鏤刻在處處可聞的悲鳴聲中。
經此一役，幕府出兵 15 萬征討長州，在 1864 年 12 月 16 日，完全包圍長州，但這時，長州籓突然開始裝孫子了，道歉、認錯，一副真心悔改的樣子，幕府也就撤兵了。不過，幕府始終覺得這結果太便宜了長州藩，於是在 1866 年 6 月幕府再次出兵。
然而，此時的長州藩也非吳下阿蒙，經過兩年的臥薪嘗膽 ，已經全面改用西式訓練和洋槍洋炮，這一役，幕府被打得哭爹喊娘，逃竄遠遁，自此，幕府威信盡失，再難指揮各藩政府。
第二次的長州戰爭證明幕府已經失去統治日本的能力，這時，幕府空有中央政府之名，卻已無中央政府之實。當時要求幕府返還權力和土地予天皇的「大政奉還論」甚囂塵上，幕府不得已只好虛與委蛇，假意改革。其他藩士也不是傻瓜，幕府的以拖待變計劃被識破，氣到炸鍋的各藩武士 (以長州藩與薩摩藩為主) 集結倒幕勢力與幕府在 1868 年 1 月 27 日爆發「鳥羽. 伏見」之戰。
結束日本舊時代的「戊辰戰爭」就此拉開序幕。激戰後，幕府軍再次敗逃，而且內部不斷有幕臣叛變，外國政府也宣佈局外中立，內憂外患下，幕府將軍德川慶喜只得讓江戶開城投降。
德川慶喜。 (圖片來源：readhouse.net)
雖然「江戶無血開城」，但東北部，以會津藩為首的「奧羽列藩同盟」仍持續效忠幕府，頑強抵抗。1868 年 8 月的會津戰爭是最關鍵的一役，歷時一個月，會津藩戰死 3000 多人，包括由未成年男孩所組成的「白虎隊」，許多人兵敗集體自殺。
倒幕軍繼續向北挺進，前幕府海軍奉行榎本武揚在北海道建立「蝦夷共和國」頑抗，但國家與人的命運一樣，都會歷經興衰治亂，時代選擇了明治政府，而幕府則像櫻花般，在清風的吹拂下凋謝，歸入塵土。
1869 年 6 月 26 日，榎本武揚開城投降，成立 125 天的蝦夷共和國覆滅，戊辰戰爭結束，也標誌了德川幕府長達 264 年的統治結束，新時代就在累累白骨中站立起來了。
武士的時代結束了，日本由最初的驚恐、憤怒、盲目、迷網到決心走上全面西化一途，政變、暗殺、外國侵略和日本的全國內戰交織成一個血腥的修羅場。
戰火的灰燼，彷彿訴說著舊時代的消逝，武士刀被埋入歷史的塵土中，血色的帷幕慢慢落下，最驚心動魄的「幕末」時代謝幕。此時，黎明的旭日漸漸升起，朝陽灑落在這個滿目瘡痍的土地上，日本的未來將何去何從?
