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642年9月，拜占庭總督投降後，阿拉伯軍隊在Amr ibn al-As指揮下正式控制埃及全境。Amr在尼羅河東岸建立新軍營城市福斯塔特（Fustat），作為行政中心，此地後來發展為開羅的前身。埃及被納入倭馬亞哈里發國（Umayyad Caliphate，661–750年）的版圖，成為一個重要的行省。
行政結構在初期保持高度連續性：原有的拜占庭稅收體系、土地登記與灌溉管理基本上被保留，阿拉伯統治者主要任命本地官員協助治理，並繼續使用希臘語與科普特語進行行政文書工作。尼羅河的年度氾濫記錄仍被 meticulously 保存，用來計算土地稅（kharaj），這一做法直接延續了拜占庭與羅馬時期的傳統。
644–656年，哈里發歐斯曼（Uthman）在位期間，埃及的治理相對穩定。阿拉伯軍隊主要駐紮在福斯塔特與亞歷山大，避免大規模干涉鄉村生活。科普特基督徒與猶太人被歸為「有經者」（dhimmi），需繳納人頭稅（jizya），但可保留自己的宗教與部分自治權。
許多科普特官員繼續在稅收與行政部門任職，這確保了治理的連續性。農業生產未受重大擾亂，埃及繼續作為主要的穀物供應地，糧食通過尼羅河與地中海運往阿拉伯半島與敘利亞。
661年，倭馬亞王朝建立後，埃及行省的地位進一步提升。穆阿維葉一世（Muawiya I）加強對埃及的控制，任命忠於王朝的總督。行政語言逐漸從希臘語向阿拉伯語轉移，但這一過程非常緩慢，到8世紀初仍以雙語或多語並存為主。
灌溉渠道與水車系統得到持續維護，尼羅河的季節性節律依然決定農業周期與稅收計算。考古證據顯示，此時的村落布局、農田分配與作物種類（小麥、大麥、亞麻）與拜占庭時期高度相似。
705–717年，哈里發瓦利德一世（Walid I）在位期間，埃及總督Abd al-Malik ibn Marwan推行阿拉伯化政策。他下令行政文書必須使用阿拉伯語，這加速了官方語言的轉變，但地方層級的科普特語文獻仍大量存在。
稅收壓力在某些時期有所增加，導致部分科普特社群的不滿與零星反抗，但整體行政框架未被打破。埃及繼續出口紙草、亞麻與玻璃製品，維持了經濟活力。
750年，阿拔斯革命成功，阿拔斯王朝（Abbasid Caliphate，750–1258年）取代倭馬亞王朝。埃及再次成為重要行省，阿拔斯哈里發任命總督直接管轄。行政連續性依然明顯：土地稅制、村社組織與尼羅河管理系統基本維持原狀。
阿拔斯早期，巴格達成為帝國新首都，但埃及的糧食與稅收仍是帝國財政的重要來源。科普特教會繼續運作，雖然偶有稅負爭議，但教會內部的等級結構與修道院制度未受根本影響。
8世紀後期至9世紀初，埃及多次出現地方動盪。813–833年，哈里發馬蒙（al-Ma'mun）在位期間，曾親自率軍平定埃及的叛亂。這些叛亂多與稅收過重或阿拉伯與本地人口的矛盾有關，但每次平定後，行政體系都迅速恢復。尼羅河的氾濫記錄與灌溉工程繼續得到重視，確保農業生產的穩定。
紙草文獻顯示，此時的村落仍有本地長老參與稅收分配，這一基層治理模式延續了拜占庭時期的慣例。
868年，土耳其裔將領艾哈邁德·伊本·圖倫（Ahmad ibn Tulun）被任命為埃及總督。他逐漸取得實際獨立，建立圖倫王朝（Tulunid Dynasty，868–905年）。圖倫在福斯塔特以北建立新城al-Qata'i，並大規模興建清真寺、醫院與供水系統。
這是埃及在伊斯蘭時代第一次出現半獨立的本土王朝，但行政與經濟結構仍高度延續前代：稅收體系、土地登記與農業管理沒有根本改變。圖倫王朝時期，埃及的軍事力量增強，並短暫控制敘利亞部分地區。
905年，阿拔斯王朝重新恢復對埃及的直接控制，但不久後又陷入混亂。935–969年，伊赫什德王朝（Ikhshidid Dynasty）統治埃及，由中亞裔將領穆罕默德·伊本·圖格吉（Muhammad ibn Tughj）及其後裔執政。
這一時期，埃及維持了相對穩定，繼續作為糧食與稅收的主要貢獻者。灌溉系統與尼羅河管理仍是治理的核心，行政文書中阿拉伯語已成為主導，但科普特語仍在教會與地方事務中使用。
969年，法蒂瑪王朝（Fatimid Caliphate）的軍隊從北非西進，征服埃及。法蒂瑪人建立開羅城（al-Qahira，意為「勝利者之城」）作為新首都，位於福斯塔特附近。這標誌著埃及成為什葉派伊斯蘭帝國的中心。法蒂瑪哈里發在開羅興建著名的愛資哈爾清真寺（al-Azhar Mosque），作為宗教與教育中心。
儘管宗教派別發生變化（什葉派伊斯瑪儀派），但行政連續性依然強烈：土地稅制、村社組織與農業管理基本沿用前代框架，尼羅河的季節性節律繼續主導社會與經濟生活。科普特基督徒與猶太人仍作為有經者，繳納人頭稅並保留宗教自治。
