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969年法蒂瑪軍隊征服埃及後，法蒂瑪王朝（969–1171年）將開羅定為首都，並迅速建立穩定的行政體系。哈里發al-Mu'izz li-Din Allah於972年正式遷都開羅，愛資哈爾清真寺兼具宗教、教育與行政功能。埃及的行省結構被調整為更集中的中央管理，但稅收、土地登記與尼羅河灌溉系統基本延續阿拔斯與圖倫時期的框架。
尼羅河年度氾濫高度繼續被詳細記錄，用於計算土地稅（kharaj），村社（qarya）仍是基層行政單位，本地長老參與稅收分配，這一模式與拜占庭晚期高度相似。法蒂瑪王朝鼓勵農業開發，擴大運河網絡，維持埃及作為帝國主要糧倉的地位。
975–996年，哈里發al-Aziz在位期間，法蒂瑪帝國版圖擴及北非、敘利亞與希賈茲地區。埃及的行政文書主要使用阿拉伯語，但科普特語仍在教會與地方稅務記錄中持續使用。
科普特基督徒與猶太人繼續作為有經者繳納人頭稅（jizya），並在金融與行政部門擔任重要職位。紙草與後來的紙張文獻顯示，村落農業生產（小麥、大麥、亞麻、甘蔗）與拜占庭時期作物種類基本一致，灌溉水車（saqiya）與渠道系統得到定期維護。
996–1021年，哈里發al-Hakim bi-Amr Allah統治時期，政策出現波動。他下令限制非穆斯林的公開宗教活動，並一度強制部分科普特人與猶太人改宗，但這些措施並未改變整體行政與經濟結構。
尼羅河管理與稅收徵收繼續按既有程序進行，埃及的糧食出口仍支撐帝國財政。1021年後，法蒂瑪王朝進入長期衰落階段，哈里發權力逐漸被維齊爾（vizier）與軍事將領削弱。
1073–1094年，亞美尼亞裔維齊爾Badr al-Jamali掌握實權，他整頓軍隊、修復基礎設施，並加強對尼羅河三角洲與上埃及的控制。
這一時期行政連續性明顯：土地調查與稅收登記制度未發生根本改變，村社組織與地方治理模式延續前代。1094年後，法蒂瑪王朝陷入內部繼承爭鬥與十字軍東征的外部壓力。
1099年，第一次十字軍東征攻佔耶路撒冷，法蒂瑪埃及成為十字軍國家的重要對手。法蒂瑪軍隊多次與十字軍交戰，但未能完全阻止十字軍在黎凡特的立足。1160年代，法蒂瑪王朝內部權力鬥爭激烈，維齊爾Shawar、Dirgham與Shirkuh相繼爭奪控制權。1169年，庫爾德裔將領Salah al-Din（薩拉丁）被任命為維齊爾，他迅速鞏固權力。
1171年，薩拉丁廢黜最後一位法蒂瑪哈里發al-Adid，結束什葉派法蒂瑪王朝統治，恢復遜尼派正統，併入阿拔斯哈里發的名義管轄之下。同年，薩拉丁建立阿尤布王朝（Ayyubid Dynasty，1171–1250年），定都開羅。阿尤布王朝的行政體系高度延續法蒂瑪時期：中央設維齊爾與財政部門，地方設總督（wali）管理各省。
土地稅（iqta'制度）成為主要財政來源，將土地授予軍事將領以換取軍事服務，這一制度在一定程度上取代了之前的直接稅收，但尼羅河灌溉管理與村社結構仍保持連續。薩拉丁大力修復與興建清真寺、醫院（bimaristan）與城防工事，同時維持埃及的農業生產與糧食出口。
1174–1193年，薩拉丁在位期間，埃及成為阿尤布帝國的核心。他擊敗十字軍，收復耶路撒冷（1187年），並多次擊退十字軍的反攻。埃及的軍事力量以馬木魯克（Mamluk，奴隸出身的精銳騎兵）為主，這些士兵後來逐漸掌握實權。
行政文書與稅收記錄繼續使用阿拉伯語，科普特語則局限於教會內部。尼羅河的季節性氾濫仍是農業與稅收計算的基礎，運河與水壩得到持續維護。
1193年薩拉丁去世後，阿尤布王朝陷入繼承分割，埃及由其弟al-Adil及其後裔統治。1218–1238年，al-Kamil在位期間，埃及再次成為十字軍進攻目標。1219–1221年，第五次十字軍東征一度攻佔達米埃塔（Damietta），但最終被擊退。行政上，阿尤布王朝繼續依賴iqta'土地授予制度與馬木魯克軍隊，尼羅河管理系統未受重大改變。
1249–1250年，法國國王路易九世發動第七次十字軍東征，攻佔達米埃塔並進軍開羅。阿尤布蘇丹as-Salih Ayyub去世後，其妻Shajar al-Durr短暫掌權，隨後馬木魯克將領推翻阿尤布王朝。1250年，馬木魯克王朝（Mamluk Sultanate，1250–1517年）正式建立，由Bahri馬木魯克（主要為欽察突厥裔）執政。
馬木魯克王朝初期，行政連續性極強。蘇丹Baybars（1260–1277年在位）擊敗蒙古人（1260年Ain Jalut戰役），鞏固帝國邊疆，並在埃及推行高效的軍事與財政管理。
土地稅收與iqta'制度繼續運作，尼羅河灌溉工程得到重視，村社與地方稅務官（muqaddam）參與基層治理，這一模式可追溯至拜占庭晚期。科普特基督徒與猶太人仍作為有經者存在，雖然稅負較重，但宗教自治基本維持。
馬木魯克時期，埃及的經濟與文化達到另一高峰。開羅成為伊斯蘭世界的重要學術中心，愛資哈爾清真寺繼續作為教育機構。紙張取代紙草成為主要書寫材料，但行政與稅收記錄的系統性與拜占庭、早期伊斯蘭時期一脈相承。尼羅河的年度氾濫記錄仍是國家財政的核心依據。
