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1801年法國撤離後，埃及出現權力真空。奧圖曼帝國重新任命總督，但實際控制力薄弱。馬木魯克派系之間的內鬥持續，直到1805年阿爾巴尼亞裔軍官穆罕默德·阿里（Muhammad Ali Pasha）被奧圖曼蘇丹任命為總督（wali）。
穆罕默德·阿里迅速鞏固權力，1807年擊敗主要馬木魯克對手，1811年3月1日在開羅城堡大規模屠殺馬木魯克領袖，結束馬木魯克對地方的長期支配。這一事件後，他建立中央集權的行政體系，任命親信擔任省長與稅務官。
穆罕默德·阿里統治時期（1805–1849年），行政結構發生系統性調整，但尼羅河灌溉與農業管理的基本框架仍保持連續性。他大力擴大耕地面積，引進長絨棉作為主要出口作物，修建新運河與水壩（如穆罕默德·阿里運河）。
土地稅收制度從傳統iqta'轉向國家直接控制的壟斷體系，所有土地登記與稅收計算仍依賴尼羅河年度氾濫記錄。村社組織繼續作為基層單位，本地稅務官負責徵收實物稅或貨幣稅。埃及的糧食與棉花出口大幅增加，支持了軍事現代化與工業試驗。
穆罕默德·阿里建立新式軍隊，聘請歐洲教官訓練，引進歐洲武器與戰術。他還派遣學生團赴歐洲學習現代行政、醫學與工程。1830年代，他擴張領土至蘇丹、敘利亞與阿拉伯半島，短暫控制這些地區，但1841年倫敦條約迫使他放棄大部分征服地，只保留埃及與蘇丹的世襲統治權。行政語言以土耳其語與阿拉伯語並用，科普特人在財務與翻譯部門繼續任職。
1849年穆罕默德·阿里去世後，其子易卜拉欣短暫繼位，隨後由阿拔斯一世（Abbas I，1849–1854年在位）統治。阿拔斯一世時期行政風格較為保守，減少歐洲影響，但灌溉工程與棉花種植繼續發展。
1854年，賽義德帕夏（Said Pasha，1854–1863年在位）繼位，他授予法國工程師斐迪南·德·雷賽布（Ferdinand de Lesseps）開鑿蘇伊士運河的特許權。運河於1859年開工，1869年正式通航。這一工程大幅改變埃及的戰略與經濟地位，但行政與稅收體系仍延續穆罕默德·阿里建立的中央集權模式。
1863年，伊斯邁爾帕夏（Isma'il Pasha）繼位，稱為赫迪夫（Khedive）。他大力推動現代化，興建鐵路、電報線、學校與醫院，擴大開羅與亞歷山大港的城市規模。行政部門增加歐洲顧問，稅收與土地登記使用更系統的登記簿。
尼羅河管理繼續作為核心，修建了多座新水壩與灌溉渠道。1870年代，埃及因大規模借債修建基礎設施而陷入財政危機，債務主要欠英國與法國。
1875年，伊斯邁爾將蘇伊士運河公司股份出售給英國。1876年，英法成立「雙重控制」機構監督埃及財政。1879年，伊斯邁爾被奧圖曼蘇丹廢黜，其子陶菲克帕夏（Tawfiq Pasha）繼位。1881–1882年，埃及軍官艾哈邁德·阿拉比（Ahmed Urabi）發動民族主義起義，反對外國干涉與赫迪夫政權。
1882年7月，英國軍隊轟炸亞歷山大港並在泰勒凱比爾戰役擊敗阿拉比軍隊，隨後佔領開羅。英國以「臨時占領」名義實際控制埃及，奧圖曼蘇丹僅保留名義主權。
1882年英國占領後，行政連續性依然強烈。英國駐埃及總領事伊夫林·巴林（Evelyn Baring，後稱克羅默勛爵）成為實際統治者。他保留赫迪夫與原有行政機構，但由英國顧問主導財政、軍隊與公共工程。
尼羅河灌溉系統得到進一步科學化管理，修建阿斯旺水壩（1902年完工）等大型工程。棉花仍是主要出口作物，土地稅收與村社管理基本沿用前代框架。科普特基督徒在政府部門的比例增加。
