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拉美西斯二世（Ramesses II）在位67年（約前1279–1213年）的漫長統治，將第十九王朝推向極盛。他不僅是軍事統帥，更是偉大的建築者與宣傳家。卡疊什戰役後，他與赫梯帝國簽訂了史上最早的和平條約之一（約前1259年），條約刻在銀板上，雙方承諾互不侵犯與軍事互助。這一外交成就穩定了埃及在黎凡特的勢力，讓埃及得以專注內部建設。
拉美西斯二世在全國各地大興土木：阿布辛貝的兩座巨型岩窟神廟（一座獻給自己，一座獻給王后娜芙塔莉），盧克索神廟的柱廳擴建，拉美西姆的葬祭廟，以及三角洲地區的新首都Pi-Ramesses（拉美西斯之城）。這些工程使用了大量戰俘勞力與帝國貢賦，體現了新王國帝國財富的頂峰。
然而，即使在拉美西斯二世晚年，隱患已現。長年戰爭與大規模建築耗費了大量資源，王室與神廟之間的權力平衡開始傾斜。阿蒙神廟祭司集團在底比斯擁有龐大土地與經濟自主權，逐漸形成國中之國。拉美西斯二世死後，第十九王朝迅速衰落。
他的兒子Merneptah（梅爾內普塔）繼位後，面對嚴重的外部威脅——「海上民族」（Sea Peoples）的入侵。約公元前1207年，梅爾內普塔在三角洲擊敗了利比亞人與海上民族聯軍，這場戰役的勝利銘文首次提到「以色列」（Israel）作為一個民族被擊敗，這是埃及文獻中最早提及以色列的記錄。
第二十王朝（Dynasty 20，約前1189–1070年）由Sethnakhte開創，但真正主導這一王朝的是拉美西斯三世（Ramesses III，約前1186–1155年）。他被視為新王國最後一位強大法老。在位期間，他成功擊退了三次大規模入侵：兩次利比亞人進攻與一次海上民族的全面入侵（約前1177年）。
海上民族包括來自愛琴海與安納托利亞地區的各族群，他們摧毀了赫梯帝國與許多黎凡特城市，對埃及構成極大威脅。拉美西斯三世在Medinet Habu神廟的浮雕詳細記錄了這些戰役，描繪埃及戰船與陸軍的勝利場面。這些勝利雖然暫時保住了埃及本土，但耗盡了國家資源，帝國在亞洲的領土大幅縮減。
拉美西斯三世統治後期，內部危機浮現。著名的「哈里姆陰謀」（Harem Conspiracy）記錄顯示，王后與部分宮廷官員企圖刺殺法老，雖然陰謀被挫敗，但暴露了王室內部的分裂。經濟壓力也日益嚴重：尼羅河氾濫不穩定導致糧食短缺，通貨膨脹（以糧食為基準）加劇。
底比斯工人村Deir el-Medina的記錄顯示，工人曾因未收到糧食配給而舉行埃及史上最早的有組織罷工。這反映出中央政府對基層控制力的下降。
拉美西斯三世去世後，新王國進入急劇衰落階段。後續的拉美西斯四世至拉美西斯十一世（Ramesses IV–XI）在位時間短暫，權力逐漸被兩大勢力瓜分：底比斯的阿蒙神廟大祭司與三角洲地區的世襲地方統治者。
拉美西斯十一世統治末期（約前1070年），底比斯實際由大祭司Herihor掌控，他甚至使用王室頭銜，顯示神廟勢力已凌駕於法老之上。北方則由Smendes（斯門德斯）在Tanis建立勢力。這標誌著新王國的正式結束與第三中間期（Third Intermediate Period，約前1070–664年）的開始。
第三中間期初期，埃及再次分裂為南北兩大政治實體。北方第二十一王朝（Dynasty 21，約前1070–945年）以Tanis為首都，由Smendes及其後繼者統治，控制三角洲與中部地區；南方則由底比斯阿蒙神廟大祭司實際統治，雖然名義上承認北方法老，但擁有獨立的行政與軍事力量。
這種「神權與王權並存」的局面是第三中間期的特色。南北之間維持了表面和平，通過聯姻與共同宗教儀式維繫統一，但中央權威已嚴重弱化。
這時期的重要發展包括盜墓活動的猖獗。帝王谷的王室陵墓多次被盜，政府曾組織大規模調查與重新安置木乃伊（皇家木乃伊藏匿行動）。許多著名法老的木乃伊（如拉美西斯二世、塞提一世）被移至隱秘地點（如Deir el-Bahri的皇家木乃伊 cache），這批木乃伊在19世紀被發現，為現代埃及學提供了珍貴資料。
對外方面，埃及帝國影響力大幅衰退。努比亞地區逐漸獨立，利比亞部落不斷滲透三角洲。利比亞人（Libyans）在第三中間期扮演重要角色，他們原本是埃及的雇傭軍或邊疆居民，逐漸取得政治權力。
第二十二王朝（Dynasty 22，約前945–715年）由利比亞裔將領Shoshenq I（舍順克一世）建立，他成功統一南北，並發動對巴勒斯坦的遠征（聖經中記載的「示撒」入侵耶路撒冷）。Shoshenq I的統治短暫恢復了埃及的軍事活力，但他死後，王朝再次陷入分裂，地方王朝（第二十三、二十四王朝）並立。
宗教與文化在第三中間期呈現保守與復古傾向。法老與大祭司都強調恢復古王國與中王國的傳統，藝術風格模仿過去的理想化形式，但技術與經濟實力已無法與新王國相比。阿蒙神繼續是國家主神，神廟經濟仍佔主導地位。
到約公元前730年左右，第三中間期進入尾聲。努比亞的庫施王國（Kingdom of Kush）崛起，其國王Piye（皮耶）從南方北伐，逐漸征服埃及全境，建立第二十五王朝（Nubian Dynasty，約前744–656年）。這標誌著埃及歷史進入「後期王朝時期」（Late Period）的開端，外族統治再次成為主題。
