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第三中間期末期，努比亞的庫施王國勢力強大，其國王Piye（皮耶，約前744–714年在位）從南方發動北伐戰爭。他在著名的勝利石碑（Victory Stele）中詳細記載了自己如何擊敗北方分裂的利比亞裔王朝，統一上下埃及，建立第二十五王朝（Nubian or Kushite Dynasty，約前744–656年）。
Piye及其繼任者Shabaka、Shebitku、Taharqa與Tanutamun被埃及人接受為正統法老，他們積極恢復傳統埃及文化，修復古老神廟，大力推崇阿蒙神崇拜，並在底比斯與孟菲斯舉行傳統加冕儀式。
庫施法老們的統治風格融合了努比亞與埃及元素：他們保留了努比亞的服飾與習俗（如戴羽毛頭飾），但在藝術上嚴格模仿古王國與中王國的古典風格，被後世稱為「復古運動」（archaizing tendency）。
第二十五王朝在軍事與文化上取得一定成就。Taharqa（塔哈爾卡）是其中最著名的統治者，他興建了大量神廟與紀念物，並試圖干預近東事務，對抗亞述帝國的擴張。然而，亞述帝國的崛起成為致命威脅。
公元前671年，亞述王Esarhaddon入侵埃及，攻佔孟菲斯；公元前663年，亞述王Ashurbanipal更進一步南下，洗劫底比斯，迫使Tanutamun退回努比亞。第二十五王朝結束，埃及再次陷入外族統治的陰影。
亞述人並未長期佔領埃及，他們扶植了地方傀儡統治者。其中一位是賽斯（Sais）的王子Psamtik I（普薩美提克一世），他趁亞述帝國內亂之機，逐漸統一埃及，建立第二十六王朝（Saite Dynasty，約前664–525年）。
這是埃及本土王朝最後一次較長期的統一與復興。第二十六王朝被稱為「賽斯復興」（Saite Renaissance），法老們大力恢復古埃及傳統：修復神廟、重新抄寫古老文獻、模仿古王國藝術風格。Psamtik I與其繼任者Necho II、Psamtik II、Apries與Amasis大力發展經濟與軍事。
Necho II（尼科二世）最著名的成就是試圖開鑿連接尼羅河與紅海的運河（雖然未完全成功），並派遣腓尼基船隊環繞非洲航行，這可能是史上最早的環非航行記錄。他還在近東進行軍事行動，曾短暫控制巴勒斯坦與敘利亞，但最終在卡爾凱米什戰役（Battle of Carchemish，約前605年）被新巴比倫王國擊敗。
賽斯王朝時期，埃及與希臘世界的聯繫大幅加強：法老招募希臘雇傭兵，建立納烏克拉提斯（Naukratis）作為希臘商人的專屬港口，促進了文化與貿易交流。埃及藝術在這時期出現希臘影響的痕跡，而希臘人也開始對埃及產生濃厚興趣（希羅多德後來即在此基礎上撰寫《歷史》）。
然而，賽斯王朝的繁榮未能持久。公元前525年，波斯帝國的Cambyses II（岡比西斯二世）在Pelusium戰役擊敗埃及軍隊，征服埃及，建立第二十七王朝（First Persian Period，約前525–404年）。波斯人將埃及納入阿契美尼德帝國版圖，設總督（satrap）治理，但保留了大部分埃及行政與宗教傳統。
Darius I（大流士一世）是較受埃及人尊重的波斯統治者，他完成尼羅河-紅海運河工程，並在埃及神廟留下銘文，自稱為正統法老。波斯統治帶來了相對穩定的稅收與基礎設施改善，但也引起本地不滿，尤其是高額貢賦與文化差異。
公元前404年左右，埃及爆發反波斯起義，成功建立第二十八、二十九與第三十王朝（約前404–343年），這是埃及本土王朝的最後階段。第二十九王朝短暫，以Mendes為中心；第三十王朝由Nectanebo I、Teos與Nectanebo II統治，是後期王朝中最具活力的時期。
Nectanebo II（內克塔內博二世）被視為最後一位本土埃及法老，他大力修復神廟、建造紀念物，並組織軍事防禦，抵抗波斯再次入侵。埃及在這時期繼續與希臘城邦維持密切關係，招募大量希臘雇傭兵。
公元前343年，波斯帝國在Artaxerxes III（阿爾塔薛西斯三世）領導下第二次征服埃及，建立第二波斯時期（Second Persian Period，約前343–332年）。這次統治更加嚴苛，波斯軍隊對神廟與城市的掠奪引起強烈怨恨。埃及人將這段時期視為黑暗時代，許多文獻表達對外族統治的憤怒與對昔日輝煌的懷念。
公元前332年，馬其頓的亞歷山大大帝（Alexander the Great）在高加米拉戰役擊敗波斯帝國後，南下埃及。埃及人將他視為解放者，幾乎沒有抵抗便開城迎接。亞歷山大在孟菲斯舉行傳統加冕儀式，自稱為阿蒙神之子，並在尼羅河三角洲建立新城亞歷山大港（Alexandria），這座城市後來成為希臘化世界的文化中心。
亞歷山大短暫統治埃及後離開，留下部將治理。公元前323年亞歷山大去世後，其部將Ptolemy I Soter（托勒密一世）逐步控制埃及，建立托勒密王朝（Ptolemaic Dynasty，約前305–30年），開啟希臘化埃及時代。
