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亞歷山大大帝於公元前332年進入埃及後，埃及正式告別了三千多年的本土王朝統治，進入希臘化時代。亞歷山大離開埃及後，其部將托勒密一世（Ptolemy I Soter）在公元前305年正式稱王，建立托勒密王朝（Ptolemaic Dynasty，約前305–30年）。
這是埃及歷史上第一個由希臘-馬其頓人建立的王朝，統治者以希臘語為宮廷語言，卻巧妙地採用埃及傳統來鞏固統治。
托勒密王朝的法老們自稱為法老，舉行傳統埃及加冕儀式，在神廟牆壁上以埃及象形文字刻寫自己的名字，並積極修建和擴建埃及神廟。著名的菲萊神廟（Philae）、埃德富神廟（Edfu）、丹德拉神廟（Dendera）和康翁波神廟（Kom Ombo）大多在托勒密時期達到最終規模或完成。
托勒密一世在亞歷山大港建立著名的亞歷山大圖書館（Library of Alexandria）和博學園（Mouseion），使這座城市成為當時地中海世界的文化與學術中心，吸引了歐幾里得、阿基米德、埃拉托色尼等偉大學者。圖書館據說收藏了數十萬卷紙草書卷，涵蓋希臘、埃及、巴比倫與猶太文化。
托勒密王朝前期的統治者（如托勒密二世Philadelphus與托勒密三世Euergetes）時期是王朝的黃金時代。經濟繁榮，農業得益於尼羅河氾濫與希臘式的科學灌溉技術，出口大量穀物到地中海地區。貨幣經濟取代了古老的以物易物體系，希臘移民大量湧入，形成新的統治階層。
埃及本土人口則繼續從事農業與手工業。托勒密王朝推行雙重文化政策：在官方場合使用希臘語與希臘行政體系，在宗教與民間則保留埃及神祇與習俗。最著名的例子是塞拉皮斯神（Serapis）的創造——這是一位融合了埃及奧西里斯神與希臘宙斯元素的混合神祇，旨在促進希臘人與埃及人的融合。
然而，從托勒密四世Philopator開始，王朝逐漸衰落。王室內部爭鬥、兄弟姐妹之間的婚姻與暗殺頻發，導致政治不穩。羅馬共和國的崛起對埃及構成越來越大的壓力。托勒密十二世Auletes（吹笛者）在位期間，埃及已高度依賴羅馬的支持。公元前51年，著名的克麗奧佩脫拉七世（Cleopatra VII）與其弟托勒密十三世共同繼位。
克麗奧佩脫拉是一位極具政治手腕與魅力的統治者，她先後與尤利烏斯·凱撒和馬克·安東尼結盟，試圖維持埃及的獨立與王朝的延續。她與凱撒生下凱撒里昂（Caesarion），並在羅馬內戰中站在安東尼一方。
公元前31年的亞克興角海戰（Battle of Actium），屋大維（後來的奧古斯都）擊敗安東尼與克麗奧佩脫拉的聯合艦隊。公元前30年，安東尼與克麗奧佩脫拉先後自殺，凱撒里昂被處死，埃及正式併入羅馬帝國，成為羅馬的一個行省（province），由羅馬皇帝直接任命總督（prefect）治理。
亞歷山大港仍是重要文化與經濟中心，但埃及的穀物主要用來供應羅馬城，成為「羅馬的糧倉」。
羅馬統治下的埃及（Roman Egypt，約前30年–公元395年）在行政上高度中央化，羅馬皇帝被尊為法老，在神廟中繼續以傳統埃及形象出現。羅馬人保留了托勒密時期的稅收體系，並引入更嚴格的戶口登記與土地調查。埃及的紙草生產與出口仍是重要經濟支柱，帝王谷與其他古墓繼續被盜，但也有系統的考古與修復活動。
宗教方面，傳統埃及神祇崇拜持續存在，伊西斯神崇拜甚至傳播到整個羅馬帝國，成為羅馬世界最受歡迎的密教之一。基督教在1世紀開始傳入埃及，亞歷山大成為早期基督教的重要中心，產生了著名的亞歷山大學派與科普特教會。
公元3世紀，羅馬帝國陷入危機，埃及也受到影響：通貨膨脹、稅負加重與地方叛亂頻發。戴克里先皇帝（Diocletian）改革後，埃及被劃入東部行政體系。公元395年，羅馬帝國分裂為東西兩部分，埃及歸屬拜占庭帝國（東羅馬帝國）。此時，基督教已成為帝國國教，傳統埃及異教神廟逐漸被關閉或改造成教堂。
公元391年，亞歷山大塞拉皮斯神廟被摧毀，標誌著古老埃及宗教的正式衰亡。最後一座仍在使用的埃及神廟——菲萊島的伊西斯神廟——也在公元6世紀初被查士丁尼皇帝下令關閉。至此，持續了三千多年的古典埃及文明，在宗教與政治上正式終結。
然而，埃及文明的遺產並未消失。它深刻影響了後世：
文字與知識：象形文字雖在4世紀後不再使用，但19世紀商博良（Champollion）通過羅塞塔石碑（Rosetta Stone，1799年發現）破譯成功，開啟現代埃及學。紙草文獻保存了大量古埃及文學、行政與宗教記錄。
建築與藝術：金字塔、神廟、方尖碑與雕塑啟發了希臘羅馬藝術，直至現代新古典主義與埃及復興風格。
宗教與哲學：奧西里斯-伊西斯神話影響了基督教的復活觀念，赫爾墨斯主義（Hermeticism）與諾斯底主義（Gnosticism）吸收了埃及神秘主義元素。
科學與曆法：埃及的太陽曆（365天）經羅馬儒略曆傳入西方，成為現代公曆的基礎。醫學、天文與數學知識也通過希臘化時代傳播。
文化象徵：尼羅河、斯芬克斯與金字塔成為人類文明永恆的象徵，激發無數文學、藝術與電影作品。
古典埃及文明從公元前3100年第一王朝建立，到公元前30年羅馬征服，持續了近三千年。其核心特徵——尼羅河的節律、神權王權、來世信仰、Ma’at秩序觀、象形文字與宏偉石造建築——在人類歷史上獨樹一幟。
即使在異族統治與宗教變遷中，埃及人仍頑強地保留了文化根基，直至最終融入基督教與伊斯蘭教的埃及（科普特人與阿拉伯埃及人）。
