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在395年,羅馬帝國正式分裂為東西兩部,埃及被劃入東羅馬帝國(即拜占庭帝國)的版圖。此時的埃及已是帝國最重要的糧食供應地之一,尼羅河谷與三角洲的農業產出繼續支撐著君士坦丁堡的糧食需求。行政結構基本延續羅馬晚期的行省制度,埃及被分為多個行省,由君士坦丁堡任命的總督(praefectus Augustalis)直接管轄,總督同時兼任軍事與民事最高長官。

稅收體系以土地稅與人頭稅為主,主要以糧食形式徵收,通過精心維護的灌溉渠道與尼羅河氾濫記錄來計算稅額,這一做法直接延續了托勒密與羅馬時期的管理傳統。
4世紀末至5世紀初,基督教在埃及的傳播已進入鞏固階段。亞歷山大作為早期基督教的重要神學中心,繼續發揮關鍵作用。科普特教會(Coptic Church)逐漸形成獨特的身份認同,使用科普特語(源自古埃及語的後期形式)進行禮拜與聖經翻譯。395年後,異教神廟的關閉進程加速。
391年,亞歷山大的塞拉皮斯神廟已被摧毀,這一事件象徵傳統多神教在城市中心的衰落。雖然鄉村地區的傳統信仰殘留更久,但整體而言,基督教已成為埃及社會的主流宗教。大多數埃及人逐漸改信基督教,許多古老神廟被改建為教堂或修道院,修道院制度在埃及發展迅速,尤其是上埃及的沙漠地區出現了大量隱修團體。
408–450年左右,狄奧多西二世在位期間,拜占庭帝國進一步推行反異教法令,禁止異教獻祭與神廟維護。埃及的行政檔案顯示,此時的稅收與土地登記仍使用希臘語與拉丁語,但科普特語紙草文獻開始大量出現,用於地方事務與教會內部記錄。
這反映出語言上的連續性轉變:古埃及象形文字早已消失,希臘語仍是官方語言,而科普特語則成為本土人口的主要書面與宗教語言。
451年,卡爾西頓公會議(Council of Chalcedon)召開,基督教神學爭議達到高潮。會議認定基督具有神人二性,這一立場被君士坦丁堡與羅馬接受,但埃及的科普特教會大多拒絕接受,堅持基督一性論(miaphysitism)。這一神學分歧導致埃及教會與拜占庭帝國中央的長期緊張關係。
埃及主教狄奧斯庫羅斯(Dioscorus)被罷黜,引發埃及本土教會的強烈不滿。此後,埃及出現兩個並行的教會體系:由君士坦丁堡任命的「帝國教會」(Melkite Church,使用希臘語,主要服務於行政與軍事精英)和本土的「科普特正教會」(Coptic Orthodox Church,使用科普特語,獲得大多數埃及民眾支持)。這一分裂成為拜占庭晚期埃及最顯著的特徵之一,但行政與經濟管理仍保持連續,未因神學爭議而中斷。
5世紀後半葉至6世紀初,埃及繼續作為拜占庭帝國的經濟支柱。尼羅河的年度氾濫記錄被 meticulously 保存,用於預測稅收。灌溉系統包括大型水車(saqiya)和運河網絡,得到持續維護。
大規模的穀物運輸船隊每年將埃及小麥運往君士坦丁堡,這一「糧食航線」是帝國生存的命脈。考古與紙草證據顯示,此時的村落與城市布局基本延續羅馬時期,亞歷山大港仍是地中海東部最重要的港口之一,同時也是絲綢、香料與紙草的轉運中心。
527–565年,查士丁尼一世在位期間,拜占庭對埃及的控制達到相對高峰。他推行行政改革,試圖加強中央集權,同時大力支持帝國教會以壓制一性論派。查士丁尼下令在菲萊島關閉最後一座仍在運作的伊西斯神廟(約535–537年),這標誌著傳統埃及宗教在公開場合的最終消失。
同時,他擴建了許多教堂與修道院,並強化稅收徵收。然而,神學分裂依然存在,科普特教會在鄉村與下層民眾中擁有強大影響力,偶爾引發地方騷動,但未發展成大規模叛亂。經濟上,埃及繼續出口大量紙草、亞麻織物與玻璃製品,維持了相對繁榮。
6世紀後期,拜占庭帝國面臨嚴重外部壓力。572–591年的拜占庭-薩珊波斯戰爭,以及602–628年的又一次大規模波斯戰爭,直接影響埃及。618–628年,薩珊波斯軍隊一度佔領埃及全境,切斷了對君士坦丁堡的糧食供應。這次佔領雖然只持續約十年,但造成嚴重的經濟破壞與行政中斷。波斯人離開後,拜占庭恢復統治,但帝國已極度虛弱。
629–642年,赫拉克利烏斯皇帝(Heraclius)統治後期,埃及的行政延續性仍可見。赫拉克利烏斯曾短暫嘗試調和一性論與二性論的分歧(單一意志論,monothelitism),但未能成功。科普特教會繼續保持獨立運作,大多數埃及民眾仍忠於本土教會。稅收與灌溉管理的基本框架沒有根本改變,尼羅河的季節性節律依然主導農業與社會生活。
642年,阿拉伯穆斯林軍隊在Amr ibn al-As的指揮下,從東方進入埃及。經過短暫圍攻,巴比倫堡(Babylon Fortress,位於今日開羅附近)與亞歷山大港相繼陷落。拜占庭總督於642年9月投降,埃及正式進入伊斯蘭時代。
這一轉變標誌著拜占庭統治的結束,但許多行政與經濟元素——包括土地稅制、灌溉系統、村落結構與紙草文書傳統——在早期伊斯蘭統治下得到延續,只是統治者與官方宗教發生了根本改變。























